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Einer der häufigsten Anwendungsfehler in der PCR, Real Time PCR sowie RT-PCR besteht darin, dass ein fixes Protokoll für unterschiedliche Systeme mehrerer Anbieter verwendet wird. Die jeweilige Pufferzusammensetzung und vor allem der pH-Wert haben aber einen deutlichen Einfluss auf die jeweilige Annealingtemperatur.
Dabei bietet sich hierbei die Chance, Forschung und Diagnostik finanziell günstiger zu machen sowie sogar wesentlich zu vereinfachen, wenn sorgfältig individuell optimiert wird.