Die Standard-PCR-Amplifikation erforderte früher oft eine aufwendige DNA-Extraktion, Reinigung, Verarbeitung und Probenaufbereitung. Dabei wurden aus heutiger Sicht noch relativ primitive Geräte und komplexe Protokolle verwendet. Die Vorstellung, dass 35 PCR-Amplifikationszyklen in weniger als 25 Minuten abgeschlossen werden könnten, ohne die Genauigkeit und Zuverlässigkeit zu beeinträchtigen, wurde als Zukunftsvision angesehen.
Einer der häufigsten Anwendungsfehler in der PCR, Real Time PCR sowie RT-PCR besteht darin, dass ein fixes Protokoll für unterschiedliche Systeme mehrerer Anbieter verwendet wird. Die jeweilige Pufferzusammensetzung und vor allem der pH-Wert haben aber einen deutlichen Einfluss auf die jeweilige Annealingtemperatur.
Dabei bietet sich hierbei die Chance, Forschung und Diagnostik finanziell günstiger zu machen sowie sogar wesentlich zu vereinfachen, wenn sorgfältig individuell optimiert wird.