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Taq DNA-Polymerase S (Hohe Genauigkeit)

Vorteile im Überblick

  • stabil bei RT (+15 bis +30°C) für mindestens 2 Wochen
  • hohe Selektivität
  • Amplifikation von Fragmenten bis >7kb
  • Extensionsrate: 2-4kb/min bei 72°C
  • 3'A Überhang

Kauf 3 - Zahl 2

275,00 €*

Units
Produktnummer: M3001.2500
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Produktinformationen "Taq DNA-Polymerase S (Hohe Genauigkeit)"

Die High-quality Taq DNA Polymerase S für hohe Selektivität ist eine hochprozessive 5' - 3' DNA-Polymerase ohne 3' - 5'-Exonukleaseaktivität.

Der Puffer ist für eine hohe Selektivität bei der Amplifikation optimiert. Die hohe Prozessivität der Genaxxon Taq-Polymerase erlaubt die Amplifikation von DNA-Fragmenten bis zu >7 kBasen. Die Polymerase wird mit 10fach Puffer und separatem MgCl2 geliefert. Der mitgelieferte 'complete buffer' enthält 15mM MgCl2.

Taq DNA Polymerase Testmuster erhältlich! Keine Versandkosten bei Versand innerhalb Deutschlands!

Mit unseren hochwertigen dNTPs als Set (M3015.4100 und M3015.0250) > oder als Mix (M3016.1010) > oder unseren DNA-Markern > und unserer günstigen Standardagarose > bieten wir Ihnen weitere qualitativ hochwertige Produkte für die PCR.

Product Specifications
Concentration: 5 units/µL
Substrate analogs: dNTP, ddNTP, fluorescent dNTP/ddNTP
Extension rate: 2-4 kb/min. at 72°C
Half-life: 20min. at 95°C, 60min. at 94°C
5’-3’ exonuclease activity: Yes
Extra addition of A: Yes
3’-5’ exonuclease activity: No
Nuclease contamination: No
Protease contamination: No
RNase contamination: No
Self-priming activity: No


Applikation / Application:
DNA polymerase to be used for standard PCR applications.

Einheiten / Units:
One unit is defined as the amount of enzyme which will convert 10 nmoles of dNTPs to an acid-insoluble form in 30 min at 72°C under the assay conditions (25 mM TAPS (tris-(hydroxymethyl)-methyl-amino-propanesulfonic acid, sodium salt) pH 9.3 (25°C); 50 mM KCl; 2 mM MgCl2; 1 mM b-mercaptoethanol; and activated calf thymus DNA as substrate.

Quelle / Source:
Thermus aquaticus strain


Sicherheits Hinweise / Safety


Klassifizierungen / Classification

eclass-Nr: 32-16-05-02
Dokumente - Protokolle - Downloads :
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Hier finden Sie Artikel und Literaturzitate, in denen die Autoren auf die hohe Qualität dieses Genaxxonprodukts vertrauen.
Quelle: NCBI PubMed

Detection and molecular identification of Blastocystis isolates from humans and cattle in northern Egypt.
Sarah Mohamed Abdo, Hosny El-Adawy, Hoda Fahmy Farag, Hend Aly El-Taweel, Heba Elhadad, Ayman Abdel-Moamen El-Badry
J Parasit Dis. 2021 Sep;45(3):738-745.
doi: 10.1007/s12639-021-01354-5.
PMCID: PMC8368324.

Polyphasic study of antibiotic-resistant enterobacteria isolated from fresh produce in Germany and description of Enterobacter vonholyi sp. nov. isolated from marjoram and Enterobacter dykesii sp. nov. isolated from mung bean sprout.
Gyu-Sung Cho, Maria Stein, Gregor Fiedler, Etinosa O. Igbinosa, Linnéa Philine Koll, Erik Brinks, Jana Rathje, Horst Neve, Charles M A P Franz
Syst Appl Microbiol. 2021 Jan;44(1):126174.
doi: 10.1016/j.syapm.2020.126174.
PMID: 33370657.

Chip-based duplex real-time PCR for water quality monitoring concerning Legionella pneumophila and Legionella spp.
Cornelia Reuter, Stefanie Hentschel, Antje Breitenstein, Eileen Heinrich, Oliver Aehlig, Thomas Henkel, Andrea Csáki, Wolfgang Fritzsche
Water Environ. J. 2020, 35: 371-380.
doi: 10.1111/wej.12635

Coding and noncoding somatic mutations in candidate genes in basal cell carcinoma.
Maria Giovanna Maturo, Sivaramakrishna Rachakonda, Barbara Heidenreich, Cristina Pellegrini, Nalini Srinivas, Celia Requena, Carlos Serra-Guillen, Beatriz Llombart, Onofre Sanmartin, Carlos Guillen, Lucia Di Nardo, Ketty Peris, Maria Concetta Fargnoli, Eduardo Nagore, Rajiv Kumar
Sci Rep. 2020 May 14;10(1):8005.
doi: 10.1038/s41598-020-65057-2.
PMCID: PMC7224188.

Identification, Genotyping and Antimicrobial Susceptibility Testing of Brucella spp. Isolated from Livestock in Egypt
Aman Ullah Khan, Waleed S. Shell, Falk Melzer, Ashraf E. Sayour, Eman Shawkat Ramadan, Mandy C. Elschner, Amira A. Moawad, Uwe Roesler, Heinrich Neubauer, Hosny El-Adawy
Microorganisms. 2019 Dec; 7(12): 603. 
doi: 10.3390/microorganisms7120603
PMCID: PMC6955977

Metabolic Engineering of Escherichia coli for para-Amino-Phenylethanol and para-Amino-Phenylacetic Acid Biosynthesis
Behrouz Mohammadi Nargesi, Georg A. Sprenger, Jung-Won Youn
Front Bioeng Biotechnol. 2018; 6: 201.
doi: 10.3389/fbioe.2018.00201
PMCID: PMC6328984

Genome-wide polyadenylation site mapping datasets in the rice blast fungus Magnaporthe oryzae
Marco Marconi, Ane Sesma, Julio Luis Rodríguez-Romero, María Lourdes Rosano González, Mark D. Wilkinson
Sci Data. 2018; 5: 180271.
doi: 10.1038/sdata.2018.271
PMCID: PMC6257040

Blasticidin-S deaminase, a new selection marker for genetic transformation of the diatom Phaeodactylum tricornutum
Jochen M. Buck, Carolina Río Bártulos, Ansgar Gruber, Peter G. Kroth
PeerJ. 2018; 6: e5884.
doi: 10.7717/peerj.5884
PMCID: PMC6250098

Deciphering the Adaptation of Corynebacterium glutamicum in Transition from Aerobiosis via Microaerobiosis to Anaerobiosis
Julian Lange, Eugenia Münch, Jan Müller, Tobias Busche, Jörn Kalinowski, Ralf Takors, Bastian Blombach
Genes (Basel) 2018 Jun; 9(6): 297.
doi: 10.3390/genes9060297
PMCID: PMC6027265

Identification, differentiation and antibiotic susceptibility of Gallibacterium isolates from diseased poultry
Hosny El-Adawy, Herbert Bocklisch, Heinrich Neubauer, Hafez Mohamed Hafez, Helmut Hotzel
Ir Vet J. 2018; 71: 5.
doi: 10.1186/s13620-018-0116-2
PMCID: PMC5799919

An application of competitive reporter monitored amplification (CMA) for rapid detection of single nucleotide polymorphisms (SNPs)
Juliane Havlicek, Eric Rivera-Milla, Peter Slickers, Sönke Andres, Silke Feuerriegel, Stefan Niemann, Matthias Merker, Ines Labugger
PLoS One. 2017; 12(8): e0183561.
doi: 10.1371/journal.pone.0183561
PMCID: PMC5574540

The Conjugative Relaxase TrwC Promotes Integration of Foreign DNA in the Human Genome
Coral González-Prieto, Richard Gabriel, Christoph Dehio, Manfred Schmidt, Matxalen Llosa
Appl Environ Microbiol. 2017 Jun 15; 83(12): e00207-17.
doi: 10.1128/AEM.00207-17
PMCID: PMC5452801

Genetic alterations in seborrheic keratoses
Barbara Heidenreich, Evygenia Denisova, Sivaramakrishna Rachakonda, Onofre Sanmartin, Timo Dereani, Ismail Hosen, Eduardo Nagore, Rajiv Kumar
Oncotarget. 2017 May 30; 8(22): 36639–36649.
doi: 10.18632/oncotarget.16698
PMCID: PMC5482683

Epidemiological tracing of bovine tuberculosis in Switzerland, multilocus variable number of tandem repeat analysis of Mycobacterium bovis and Mycobacterium caprae.
Giovanni Ghielmetti, Simone Scherrer, Ute Friedel, Daniel Frei, Dominique Suter, Lukas Perler, Max M Wittenbrink
PLoS One. 2017 Feb 21;12(2):e0172474.
doi: 10.1371/journal.pone.0172474.
PMCID: PMC5319696.

Post-translational Serine/Threonine Phosphorylation and Lysine Acetylation: A Novel Regulatory Aspect of the Global Nitrogen Response Regulator GlnR in S. coelicolor M145
Rafat Amin, Mirita Franz-Wachtel, Yvonne Tiffert, Martin Heberer, Mohamed Meky, Yousra Ahmed, Arne Matthews, Sergii Krysenko, Marco Jakobi, Markus Hinder, Jane Moore, Nicole Okoniewski, Boris Maček, Wolfgang Wohlleben, Agnieszka Bera
Front Mol Biosci. 2016; 3: 38. 
doi: 10.3389/fmolb.2016.00038
PMCID: PMC4977719

Quantification of Slackia and Eggerthella spp. in Human Feces and Adhesion of Representatives Strains to Caco-2 Cells
Gyu-Sung Cho, Felix Ritzmann, Marie Eckstein, Melanie Huch, Karlis Briviba, Diana Behsnilian, Horst Neve, Charles M. A. P. Franz
Front Microbiol. 2016; 7: 658. 
doi: 10.3389/fmicb.2016.00658
PMCID: PMC4860493

Transcriptional Regulation of the β-Type Carbonic Anhydrase Gene bca by RamA in Corynebacterium glutamicum
Adnan Shah, Bernhard J. Eikmanns
PLoS One. 2016; 11(4): e0154382. 
doi: 10.1371/journal.pone.0154382
PMCID: PMC4847777

Mapping of deletion breakpoints at the CDKN2A locus in melanoma: detection of MTAP-ANRIL fusion transcripts
Huaping Xie, P. Sivaramakrishna Rachakonda, Barbara Heidenreich, Eduardo Nagore, Antje Sucker, Kari Hemminki, Dirk Schadendorf, Rajiv Kumar
Oncotarget. 2016 Mar 29; 7(13): 16490–16504. 
doi: 10.18632/oncotarget.7503
PMCID: PMC4941330

DNase-Sensitive and -Resistant Modes of Biofilm Formation by Listeria monocytogenes
Marion Zetzmann, Mira Okshevsky, Jasmin Endres, Anne Sedlag, Nelly Caccia, Marc Auchter, Mark S. Waidmann, Mickaël Desvaux, Rikke L. Meyer, Christian U. Riedel
Front Microbiol. 2015; 6: 1428. 
doi: 10.3389/fmicb.2015.01428
PMCID: PMC4686886

Skin-Derived C-Terminal Filaggrin-2 Fragments Are Pseudomonas aeruginosa-Directed Antimicrobials Targeting Bacterial Replication
Britta Hansmann, Jens-Michael Schröder, Ulrich Gerstel
PLoS Pathog. 2015 Sep; 11(9): e1005159. 
doi: 10.1371/journal.ppat.1005159
PMCID: PMC4570713

Tight Junction Protein 1a regulates pigment cell organisation during zebrafish colour patterning
Andrey Fadeev, Jana Krauss, Hans Georg Frohnhöfer, Uwe Irion, Christiane Nüsslein-Volhard
eLife. 2015; 4: e06545. 
doi: 10.7554/eLife.06545
PMCID: PMC4446668

Down-Regulation of ZmEXPB6 (Zea mays β-Expansin 6) Protein Is Correlated with Salt-mediated Growth Reduction in the Leaves of Z. mays L.
Christoph-Martin Geilfus, Dietrich Ober, Lutz A. Eichacker, Karl Hermann Mühling, Christian Zörb
J Biol Chem. 2015 May 1; 290(18): 11235–11245. 
doi: 10.1074/jbc.M114.619718
PMCID: PMC4416831

Phylogeny and Differentiation of Reptilian and Amphibian Ranaviruses Detected in Europe
Anke C. Stöhr, Alberto López-Bueno, Silvia Blahak, Maria F. Caeiro, Gonçalo M. Rosa, António Pedro Alves de Matos, An Martel, Alí Alejo, Rachel E. Marschang
PLoS One. 2015; 10(2): e0118633. 
doi: 10.1371/journal.pone.0118633
PMCID: PMC4338083

The Staphylococcus aureus NuoL-Like Protein MpsA Contributes to the Generation of Membrane Potential
Sonja Mayer, Wojtek Steffen, Julia Steuber, Friedrich Götz
J Bacteriol. 2015 Mar; 197(5): 794–806. 
doi: 10.1128/JB.02127-14
PMCID: PMC4325100

Transcriptional landscape and essential genes of Neisseria gonorrhoeae
Christian W. Remmele, Yibo Xian, Marco Albrecht, Michaela Faulstich, Martin Fraunholz, Elisabeth Heinrichs, Marcus T. Dittrich, Tobias Müller, Richard Reinhardt, Thomas Rudel
Nucleic Acids Res. 2014 Sep 15; 42(16): 10579–10595. 
doi: 10.1093/nar/gku762
PMCID: PMC4176332

Molecular evidence for convergent evolution and allopolyploid speciation within the Physcomitrium-Physcomitrella species complex
Anna K Beike, Mark von Stackelberg, Mareike Schallenberg-Rüdinger, Sebastian T Hanke, Marie Follo, Dietmar Quandt, Stuart F McDaniel, Ralf Reski, Benito C Tan, Stefan A Rensing
BMC Evol Biol. 2014; 14: 158. 
doi: 10.1186/1471-2148-14-158
PMCID: PMC4227049

Improvement of L-phenylalanine production from glycerol by recombinant Escherichia coli strains: The role of extra copies of glpK, glpX, and tktA genes
Katrin Gottlieb, Christoph Albermann, Georg A Sprenger
Microb Cell Fact. 2014; 13: 96. 
doi: 10.1186/s12934-014-0096-1
PMCID: PMC4227036

Molecular Typing of MRSA and of Clinical Staphylococcus aureus Isolates from Iaşi, Romania
Stefan Monecke, Elke Müller, Olivia Simona Dorneanu, Teodora Vremeră, Ralf Ehrich
PLoS One. 2014; 9(5): e97833. 
doi: 10.1371/journal.pone.0097833
PMCID: PMC4028265

Bioelectric Signaling Regulates Size in Zebrafish Fins
Simon Perathoner, Jacob M. Daane, Ulrike Henrion, Guiscard Seebohm, Charles W. Higdon, Stephen L. Johnson, Christiane Nüsslein-Volhard, Matthew P. Harris
PLoS Genet. 2014 Jan; 10(1): e1004080. 
doi: 10.1371/journal.pgen.1004080
PMCID: PMC3894163

The PHOTOSYNTHESIS AFFECTED MUTANT68–LIKE Protein Evolved from a PSII Assembly Factor to Mediate Assembly of the Chloroplast NAD(P)H Dehydrogenase Complex in Arabidopsis
Ute Armbruster, Thilo Rühle, Renate Kreller, Christoph Strotbek, Jessica Zühlke, Luca Tadini, Thomas Blunder, Alexander P. Hertle, Yafei Qi, Birgit Rengstl, Jörg Nickelsen, Wolfgang Frank, Dario Leister
Plant Cell. 2013 Oct; 25(10): 3926–3943. 
doi: 10.1105/tpc.113.114785
PMCID: PMC3877787

Variants at the 9p21 locus and melanoma risk
Livia Maccioni, Panduranga Sivaramakrishna Rachakonda, Justo Lorenzo Bermejo, Dolores Planelles, Celia Requena, Kari Hemminki, Eduardo Nagore, Rajiv Kumar
BMC Cancer. 2013; 13: 325. 
doi: 10.1186/1471-2407-13-325
PMCID: PMC3702420

Phylogenetic and Molecular Analysis of Food-Borne Shiga Toxin-Producing Escherichia coli
Elisabeth Hauser, Alexander Mellmann, Torsten Semmler, Helen Stoeber, Lothar H. Wieler, Helge Karch, Nikole Kuebler, Angelika Fruth, Dag Harmsen, Thomas Weniger, Erhard Tietze, Herbert Schmidt
Appl Environ Microbiol. 2013 Apr; 79(8): 2731–2740. 
doi: 10.1128/AEM.03552-12
PMCID: PMC3623172

German Francisella tularensis isolates from European brown hares (Lepus europaeus) reveal genetic and phenotypic diversity
Wolfgang Müller, Helmut Hotzel, Peter Otto, Axel Karger, Barbara Bettin, Herbert Bocklisch, Silke Braune, Ulrich Eskens, Stefan Hörmansdorfer, Regina Konrad, Anne Nesseler, Martin Peters, Martin Runge, Gernot Schmoock, Bernd-Andreas Schwarz, Reinhard Sting, Kerstin Myrtennäs, Edvin Karlsson, Mats Forsman, Herbert Tomaso
BMC Microbiol. 2013; 13: 61. 
doi: 10.1186/1471-2180-13-61
PMCID: PMC3663675

Increased detection rates of EGFR and KRAS mutations in NSCLC specimens with low tumour cell content by 454 deep sequencing
Evgeny A. Moskalev, Robert Stöhr, Ralf Rieker, Simone Hebele, Florian Fuchs, Horia Sirbu, Sergey E. Mastitsky, Carsten Boltze, Helmut König, Abbas Agaimy, Arndt Hartmann, Florian Haller
Virchows Arch. 2013 Apr; 462(4): 409–419. 
doi: 10.1007/s00428-013-1376-6
PMCID: PMC3624006

An efficient method for genome-wide polyadenylation site mapping and RNA quantification
Stefan Wilkening, Vicent Pelechano, Aino I. Järvelin, Manu M. Tekkedil, Simon Anders, Vladimir Benes, Lars M. Steinmetz
Nucleic Acids Res. 2013 Mar; 41(5): e65. 
doi: 10.1093/nar/gks1249
Correction in: Nucleic Acids Res. 2013 Jul; 41(12): 6370.
PMCID: PMC3597643

Characterization of a mazEF Toxin-Antitoxin Homologue from Staphylococcus equorum
Christopher F. Schuster, Jung-Ho Park, Marcel Prax, Alexander Herbig, Kay Nieselt, Ralf Rosenstein, Masayori Inouye, Ralph Bertram
J Bacteriol. 2013 Jan; 195(1): 115–125. 
doi: 10.1128/JB.00400-12
PMCID: PMC3536171

Detection of Staphylococcal Cassette Chromosome mec Type XI Carrying Highly Divergent mecA, mecI, mecR1, blaZ, and ccr Genes in Human Clinical Isolates of Clonal Complex 130 Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus
Anna C. Shore, Emily C. Deasy, Peter Slickers, Grainne Brennan, Brian O'Connell, Stefan Monecke, Ralf Ehricht, David C. Coleman
Antimicrob Agents Chemother. 2011 Aug; 55(8): 3765–3773. 
doi: 10.1128/AAC.00187-11
PMCID: PMC3147645

Quantitative Trait Loci Involved in Sex Determination and Body Growth in the Gilthead Sea Bream (Sparus aurata L.) through Targeted Genome Scan
Dimitrios Loukovitis, Elena Sarropoulou, Costas S. Tsigenopoulos, Costas Batargias, Antonios Magoulas, Apostolos P. Apostolidis, Dimitrios Chatziplis, Georgios Kotoulas
PLoS One. 2011; 6(1): e16599. 
doi: 10.1371/journal.pone.0016599
PMCID: PMC3031595

Extreme RNA editing in coding islands and abundant microsatellites in repeat sequences of Selaginella moellendorffii mitochondria: the root of frequent plant mtDNA recombination in early tracheophytes.
Julia Hecht, Felix Grewe, Volker Knoop
Genome Biol Evol. 2011;3:344-58.
doi: 10.1093/gbe/evr027.
PMCID: PMC5654404.

The Apparent Malate Synthase Activity of Rhodobacter sphaeroides Is Due to Two Paralogous Enzymes, (3S)-Malyl-Coenzyme A (CoA)/β-Methylmalyl-CoA Lyase and (3S)- Malyl-CoA Thioesterase
Tobias J. Erb, Lena Frerichs-Revermann, Georg Fuchs, Birgit E. Alber
J Bacteriol. 2010 Mar; 192(5): 1249–1258. 
doi: 10.1128/JB.01267-09
PMCID: PMC2820834

Highlights of the Didymellaceae: A polyphasic approach to characterise Phoma and related pleosporalean genera
M.M. Aveskamp, J. de Gruyter, J.H.C. Woudenberg, G.J.M. Verkley, P.W. Crous
Stud Mycol. 2010; 65: 1–60. 
doi: 10.3114/sim.2010.65.01
PMCID: PMC2836210

Molecular Analysis of Virulence Profiles and Shiga Toxin Genes in Food-Borne Shiga Toxin-Producing Escherichia coli
T. Slanec, A. Fruth, K. Creuzburg, H. Schmidt
Appl Environ Microbiol. 2009 Oct; 75(19): 6187–6197. 
doi: 10.1128/AEM.00874-09
PMCID: PMC2753087

A trans-splicing group I intron and tRNA-hyperediting in the mitochondrial genome of the lycophyte Isoetes engelmannii
Felix Grewe, Prisca Viehoever, Bernd Weisshaar, Volker Knoop
Nucleic Acids Res. 2009 Aug; 37(15): 5093–5104. 
doi: 10.1093/nar/gkp532
PMCID: PMC2731911

A Microsatellite-Based Genetic Linkage Map of the Cichlid Fish, Astatotilapia burtoni (Teleostei): A Comparison of Genomic Architectures Among Rapidly Speciating Cichlids
Matthias Sanetra, Frederico Henning, Shoji Fukamachi, Axel Meyer
Genetics. 2009 May; 182(1): 387–397. 
doi: 10.1534/genetics.108.089367
PMCID: PMC2674835

Multiple Didymella teleomorphs are linked to the Phoma clematidina morphotype
J.H.C. Woudenberg, M.M. Aveskamp, J. de Gruyter, A.G. Spiers, P.W. Crous
Persoonia. 2009 Jun; 22: 56–62. 
doi: 10.3767/003158509X427808
PMCID: PMC2789541

Sexual Reproduction as the Cause of Heat Resistance in the Food Spoilage Fungus Byssochlamys spectabilis (Anamorph Paecilomyces variotii)
Jos Houbraken, János Varga, Emilia Rico-Munoz, Shawn Johnson, Robert A. Samson
Appl Environ Microbiol. 2008 Mar; 74(5): 1613–1619. 
doi: 10.1128/AEM.01761-07
PMCID: PMC2258620

Molecular Characterization and Distribution of Genes Encoding Members of the Type III Effector NleA Family among Pathogenic Escherichia coli Strains
Kristina Creuzburg, Herbert Schmidt
J Clin Microbiol. 2007 Aug; 45(8): 2498–2507. 
doi: 10.1128/JCM.00038-07
PMCID: PMC1951211

Nuclear Factor I X Deficiency Causes Brain Malformation and Severe Skeletal Defects
Katrin Driller, Axel Pagenstecher, Markus Uhl, Heymut Omran, Ansgar Berlis, Albert Gründer, Albrecht E. Sippel
Mol Cell Biol. 2007 May; 27(10): 3855–3867.
doi: 10.1128/MCB.02293-06
PMCID: PMC1899988

Nucleotide exchange and excision technology (NExT) DNA shuffling: a robust method for DNA fragmentation and directed evolution
Kristian M. Müller, Sabine C. Stebel, Susanne Knall, Gregor Zipf, Hubert S. Bernauer, Katja M. Arndt
Nucleic Acids Res. 2005; 33(13): e117. 
doi: 10.1093/nar/gni116
PMCID: PMC1182171


Für jedes Template / Primer-Paar müssen die optimalen Reaktionsbedingungen empirisch evaluiert werden, indem man z.B. Verhältnis von Primer zu Template ändert oder die Ionenstärke (mit MgSO4) sowie Zyklusparameter (Zeit und Temperaturen).

DNA Template

  • Verwenden Sie nur qualitativ hochwertige DNA-Templates
  • Ungefähr 10E4 Kopien an Ziel-DNA werden benötigt, um nach 25-30 Zyklen ein detektierbares Produkt zu erhalten.
  • Benutzen Sie 1pg–1ng Plasmid-DNA oder virale DNA.
  • Benutzen Sie 1ng–1µg bei genomischer DNA.
  • Höhere DNA-Konzentrationen vermindern die Ampliconspezifität und ergeben z.B. Extrabanden, besonders wenn eine hohe Zyklenzahl eingesetzt wird.
  • Höhere DNA-Konzentrationen können eingesetzt werden, wenn kleinere Zyklenzahlen erwünscht sind, um z.B. die Spezifität zu erhöhen.

Primer

  • Generell sollten diese 20-30 Nukleotide in der Länge besitzen.
  • Der ideale GC-Gehalt liegt bei 40-60%.
  • Die GC-Basen sollten möglichst gleichmäßig über den/die Primer verteilt sein.
  • Die Schmelztemperaturen beider Primer eines Primerpaares sollten nicht mehr als 5°C voneinander abweichen.
  • Vermeiden Sie Sekundärstrukturen (z.B. Hairpins) innerhalb der Primer und der potentiellen Dimerisationsbereiche zwischen den verwendeten Primerpaaren.
  • Wenn gentechnisch veränderte Stellen (side directed mutagenesis) in die Primer eingebaut werden, dann ist es besser, wenn 5' von der side direkted mutagenesis Stelle noch 4-6 Extrabasen eingebaut werden, damit der Primer auch an der richtigen Stelle annealen kann.
  • Die Endkonzentration von jedem Primer sollte zwischen 0,05-1 µM liegen (0,05 µM ist die unterste Grenze), typische Werte liegen zwischen 0,1 und 0,5 µM.
  • Höhere Konzentrationen können eine erhöhte Primerdimerisierung zur Folge haben und falsche Amplifikationsprodukte "generieren" bzw. vortäuschen.
  • Bei Primern und Sonden kann man davon ausgehen, dass mit zunehmender Primermenge natürlich zunächst auch die PCR besser läuft (meistens ist zunächst ein früherer Ct-Wert zu erwarten). Mit weiter zunehmender Konzentration ist die PCR aber gesättigt. Neben einem etwas niedrigeren Ct-Wert wird anfänglich bei höherer Primer/Sondenkonzentration meistens auch das Fluoreszenzsignal verstärkt.
  • Dazu kommen dann ggf. eine oder mehrere Sonden (hierbei sollte die notwendige Konzentration immer gut ausgetestet werden). Wir empfehlen zwischen 50-500 nM. In diesem Bereich sollten verschiedene Kombinationen ausgetestet werden.

Magnesiumkonzentration

  • 1,5-2,0 mM Mg2+ sind optimal für die Wirkung der Taq DNA Polymerase, jedoch hängt die optimale Mg2+ Konzentration sehr stark vom Template, der Pufferzusammensetzung, der Menge an DNA und auch an dNTPs ab, da vor allem die beiden letzteren eine hohe Tendenz haben, Magnesium zu chelatieren und damit der PCR-Reaktion zu entziehen.
  • Wenn [Mg2+] zu niedrig ist: Kein PCR-Produkt sichtbar.
  • Wenn [Mg2+] zu hoch ist: unerwünschte/falsche PCR-Produkte sind sichtbar. Eventuell ist nur noch ein Schmier zu sehen.

Deoxynukleotide (dNTPs >)

  • Die typische Konzentration beträgt 200 µM von jedem einzelnen dNTP. Grundsätzlich sind 200-400 µM an dNTPs aber eine gute Konzentration für die PCR.
  • Eine niedrigere Konzentration von 50-100 µM erhöht die Spezifität, reduziert aber die Ausbeute zum Teil deutlich.
  • Eine höhere Konzentration erhöht zwar die Ausbeute besonders bei langen Amplicons, reduziert aber die Spezifität deutlich.

DNA-Polymerase

  • Die Wahl der richigen Polymerase ist u.a. abhängig vom Verwendungszweck sowie vom eingesetzten Template (Standard-PCR: Taq DNA Polymerase S > mit hoher Genauigkeit, Taq Polymerase E > mit hoher Ausbeute; Mastermixe: Standard PCR Mastermix > oder RedMasterMix > mit rotem Farbstoff).
  • Für die Multiplex PCR gibt es spezielle lyophilisierte Multiplex Mastermixe >.
  • Zur Steigerung der Spezifität oder bei schwierigen Templates werden Hot Start Anwendungen empfohlen. Hierfür gibt es spezielle Hotstart DNA Polymerasen, z.B. unsere chemisch modifizierte SuperHot Taq DNA-Polymerase (M3307) > oder die aptamer inhibierte HotStart Taq DNA-Polymerase (M3006) >.
  • Für PCRs für Klonierungen oder andere Verfahren, die eine geringe Fehlerquote erfordern, gibt es thermostabile High Fidelity Proofreading Polymerasen wie
    Pfu DNA Polymerase >ReproFast > oder ReproHot (KOD) Proofreading Polymerase >. Diese Enzyme machen weit weniger Fehler während der Amplifikation und erhöhen die Chancen auf ein fehlerfreies Amplicon.
  • Für Genotypisierungen und andere Anwendungen, bei denen eine hohe Unterscheidungsrate (high discrimination) benötigt wird, gibt es eine neue hochselektive DNA Polymerase, SNP Pol DNA Polymerase >. Sie unterscheidet fehlgepaarte Primer-Template Komplexe spezifisch und liefert gezielt nur PCR-Produkte bei perfekt passenden Primerpaaren.
  • Für die Real Time Quantitative PCR > gibt es hochspezialisierte qPCR Mastermixe. Hier kommt es bei der Wahl des richtigen Mastermixes auf das verwendete qPCR-Gerät an. So ist darauf zu achten, ob und wieviel ROX im qPCR Mastermix enthalten sein sollte und ob es eher ein Green qPCR Mastermix mit grünem Fluoreszenzfarbstoff oder ein Probe qPCR Mastermix ohne Fluoreszenzfarbstoff sein muss. Diesen gibt es auch lyophilisiert > bei Raumtemperatur.
  • Die Menge an eingesetzter DNA-Polymerase in der PCR-Reaktion kann das PCR-Ergebnis signifikant beeinflussen (verwenden Sie 1,25 - 1,5 units Taq-Polymerase für einen 50µL-Ansatz).

Annealing

  • Die Annealingtemperatur sollte mit einem Temperaturgradienten optimiert werden. Auch die Annealingzeit hat einen Einfluss auf das Gelingen. Es gilt, dass der Einsatz eines anderen Mastermixes oder der Einsatz eines Reaktionspuffers eines anderen Anbieters einen gravierenden Einfluß auf die Annealingtemperatur haben kann.
  • Die Schmelztemperaturen beider Primer eines Primerpaares sollten nicht mehr als 5°C voneinander abweichen.
  • Typische Annealingtemperaturen liegen ca. 5°C unterhalb des niedrigsten Tm der eingesetzten Primer. Oft fallen die Temperaturen in den Bereich von 50-60°C.
  • Höhere Annealingtemperaturen sollten getestet werden, wenn es zu unspezifischen Banden oder einem Schmier kommt.
  • Typsiche Annealingzeiten liegen im Bereich von 15-30 Sekunden.

Extensionstemperatur und -zeiten

  • Die Amplicon-Verlängerung wird normalerweise bei 68°C durchgeführt.
  • Als allgemeine Regel kann man bei Standard Taq-Polymerasen pro 1000 Basenpaaren von 1 Minute Extensionszeit bei 68°C ausgehen (oder 2 Minuten für 2000 Basenpaare, bzw. 3 Minuten für 3000 Basenpaare).
  • Für PCR-Produkte, die kleiner als 1 kb sind, können 45-60 Sekunden genommen werden (eher 45 Sekunden, wenn es sich nicht um ein Amplicon nahe 1 kb handelt).
  • Sowohl bei PCR-Produkten, die länger als 3000 Basenpaare sind, als auch bei PCR-Protokollen, die mehr als 30 Zyklen haben, ist es wahrscheinlich, dass längere Extenstionszeiten benötigt werden. Daher sollte bei längeren Amplicons oder bei höheren Zyklenzahlen nochmals optimiert werden.

Die Amplifikation von Templates mit hohem GC-Gehalt, starken Sekundärstrukturen, niedrigen Konzentrationen oder Amplicons größer 5 kb benötigen sehr oft eine Optimierung der PCR-Bedingungen. Typischerweise sollten 15-30 Sekunden Denaturierung bei 95°C während der PCR durchgeführt werden.