SNP Pol DNA-Polymerase 2X PCR Master Mix



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Die SNP Pol DNA-Polymerase >  im Mastermix erkennt spezifisch Primer mit Fehlpaarung... mehr
Produktinformationen "SNP Pol DNA-Polymerase 2X PCR Master Mix"

Die SNP Pol DNA-Polymerase > im Mastermix erkennt spezifisch Primer mit Fehlpaarung (Mismatch) am 3'-Ende und amplifiziert diese dann nicht. Für die einfache, verlässliche und schnelle allelspezifische Diskriminierung, z. B. von CRISPR/Cas9-gesetzten Punktmutationen, für das Erkennen falscher CRISPR/Cas9-Produkte oder zur Validierung von Sequenzierergebnissen. Die SNP Pol DNA-Polymerase unterscheidet hochspezifisch, ob eine Fehlpaarung (Mismatch) des Primer-Template-Komplexes vorliegt oder nicht. Die Fehlpaarung (Punktmutation) muss sich am 3´-Ende des Primers befinden. Somit können mutante Allele exakt von Wildtypallelen unterschieden werden - ohne Sequenzierung, da die Polymerase im Fall einer Fehlpaarung schlichtweg nicht amplifiziert.

Für SNP Nachweise, ASA, HLA Genotypisierung oder die Analyse von methylierungsspezifischen PCRs (MSP). Die SNP Pol DNA-Polymerase ist ein probates Mittel zur schnellen und einfachen Kontrolle von CRISPR-/Cas9 off-target-Ergebnissen, besonders bei Punktmutationen und Deletionen.

Einmaliges Testmuster zum Sonderpreis erhältlich! Keine Versandkosten bei Versand innerhalb Deutschlands! Der Testmusterpreis wird bei der ersten offiziellen Bestellung des Produkts zurückerstattet.

Beschreibung

Die SNP Pol DNA-Polymerase > (High Discrimination of single nucleotides) ist eine hochselektive DNA-Polymerase. Sie wurde speziell für die allelspezifische Diskriminierung entwickelt, bei der eine hohe Unterscheidungsrate (high discrimination) benötigt wird: z.B. bei der Allelspezifischen PCR (ASA; AS-PCR), Allelspezifischen Primerextension (AS-PEX), SNP Analyse, Genotypisierung oder bei methylierungsspezifischen PCRs (MSP). Viele DNA-Polymerasen tolerieren fehlgepaarte Primer-Template Komplexe. Die SNP Pol DNA-Polymerase dagegen unterscheidet diese spezifisch (high discrimination) und liefert gezielt nur PCR-Produkte bei perfekt passenden Primerpaaren. SNP Pol DNA-Polymerase ist daher ideal geeignet für SNP-Nachweise, ASA, HLA Genotypisierung oder die Analyse von einzelnen CpG Methylierungsstellen.

Bild: Anwendungsbeispiel SNP Pol DNA-Polymerase

Application Note for HiDi DNA Polymerase

Wir empfehlen die Anwendung von Primern für kurze Amplicons (ca. 60-200 bp), um optimale Ergebnisse zu erzielen. Längere Amplicons sind ebenfalls möglich. Bei längeren Amplicons >500 bp ist unter Umständen der Zusatz von Magnesium (+0.5 - 1.5mM) erforderlich. SNP Pol DNA-Polymerase ist geeignet für Real-Time Anwendungen bei Verwendung eines geeigneten Real-Time Farbstoffs.
SNP Pol für Genotypisierung und SNP Analyse!

Anwendungsbeispiel für die SNP Pol DNA-Polymerase

As an alternative to ChIP, DNA adenine methyltransferase identification by sequencing (DamID-seq) was recently shown to be able to characterize binding sites in single mammalian cells. Additionally, DamID can be achieved for cell-type specific analysis by expressing Dam fusion proteins under tissue specific promoters in a controlled manner. In this report, we present a user-friendly pipeline to analyse DamID-seq data in C. elegans.

Sharma R, Ritler D, Meister P.
Tools for DNA adenine methyltransferase identification analysis of nuclear organization during C. elegans development. Genesis. 2016 Feb 4. doi: 10.1002/dvg.22925.

Minisequencing SNP genotyping with SNPase DNA Polymerase can be carried out by the procedure described in:

Lovmar L, Fredriksson M, Liljedahl U, Sigurdsson S, Syvänen AC. 
Quantitative evaluation by minisequencing and microarrays reveals accurate multiplexed SNP genotyping of whole genome amplified DNA. Nucleic Acids Res. 2003;31:e129.

Allel specific mismatch selectivity by the HiDi DNA polymerase

Drum M, Kranaster R, Ewald C, Blasczyk R, Marx A (2014) Variants of a Thermus aquaticus DNA Polymerase with Increased Selectivity for Applications in Allele- and Methylation-Specific Amplification. PLoS ONE 9(5): e96640. doi:10.1371/journal.pone.0096640

> häufig gestellte Fragen (FAQs)

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Unser Kommentar zu "SNP Pol DNA-Polymerase 2X PCR Master Mix"
high single nucleotide discrimination SNP
2-time master mix. Contains all components necessary for direct PCR or PCR based genotyping.... mehr
 

Technische Daten:

2-time master mix. Contains all components necessary for direct PCR or PCR based genotyping.

SNP Pol DNA polymerase shows no 5’-3’ exonuclease activity! Not applicable for usage together with hydrolysis probes like, e.g. TagMan probes.

Applikation:

- CRISPR/Cas9 controls - validation of NGS sequencing results - SNP-detection by allele-specific amplification (ASA) / Allele-specific PCR - allelspezfische primer extension (AS-PEX) - Methylation specific PCR (MSP) - HLA genotyping - Micro-sequencing

Quelle

rec. from E.coli

Sicherheits Hinweise / Safety

Klassifizierungen / Classification

eclass-Nr: 34-16-04-90
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Kann man die SNP Pol DNA-Polymerase mit Bisulfit-behandelten DNA-Proben verwenden?

Ja, unsere SNP Pol DNA-Polymerase ist beispielsweise hervorragend geeignet für die methylierungsspezifische PCR (MSP). Da eine einzelne Fehlpaarung für bestimmte MSP-Ergebnisse ausreicht, ermöglicht SNP Pol DNA-Polymerase sogar eine zuverlässige MSP-Analyse einzelner CpG-Stellen.

Kann man SNP Pol 2x PCR Master Mix und SNP Pol DNA-Polymerase in auf Sonden basierenden Assays verwenden?

Ja, das ist möglich, solange keine Nukleaseaktivität erforderlich ist. Bitte beachten Sie, dass SNP Pol DNA-Polymerase keine 5'-3'-Nuklease-Aktivität aufweist. SNP Pol 2x-PCR Master Mix kann nicht in hydrolysebasierten Sondenassays (z. B. TaqMan®) verwendet werden. Für diese Assays empfehlen wir die Verwendung unserer SNP PolTaq DNA-Polymerase mit 5'-3'-Nuklease-Aktivität. Die SNP PolTaq-Variante kann daher für auf Hydrolysesonden-basierenden Real Time-PCRs verwendet werden.

Was ist die Fehlerrate von SNP Pol DNA-Polymerase?

Die Fehlerrate von SNP Pol ist vergleichbar mit der Fehlerrate von Wildtyp-Taq DNA-Polymerase.

Kann man SNP Pol DNA-Polymerase in Real Time-PCRs mit einem qPCR-Farbstoff wie SYBR® Green verwenden?

Bitte beachten Sie, dass SNP PolTaq DNA-Polymerase nicht für Real Time-PCR mit einem qPCR-Farbstoff geeignet ist. SNP Pol DNA-Polymerase funktioniert sehr gut mit qPCR-Farbstoffen.

Für welche Amplikonlänge sollten Primer ausgelegt werden?

Wir empfehlen, Primer mit einer kurzen Amplikonlänge (ca. 60-200 bp) zu entwerfen, um optimale Ergebnisse zu erzielen. Es sind jedoch auch längere Amplikonlängen möglich.

 
 
 
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