Xylencyanol FF

Xylencyanol wird bei der Gelelektrophorese als als "Tracking"-Farbstoff zur Kontrolle der Elektrophorese verwendet. Hierzu wird es der DNA-Probe als Probenpuffer (6-fach) zugegeben. In der Summe ist das Molekül einfach negativ geladen und wandert aufgrund dieser negativen Nettoladung in dieselbe Richtung wie DNA, so dass der Farbstoff benutzt werden kann um den Fortschritt bei der Elektrophorese zu überwachen. Die Wanderungsgeschwindigkeit variiert mit der Gel-Zusammensetzung. In einem Agarosegel läuft es bei einprozentiger Agarosekonzentration wie DNA mit 4000 bis 5000 bp, bei zweiprozentiger Konzentration wie 800 bp.[1] Xylencyanol bewegt sich aufgrund ihrer vier zusätzlichen Methylgruppen und der damit erhöhten Hydrophobizität langsamer als das ebenfalls bei der Elektrophorese als "Trackingfarbstoff" verwendete Bromphenolblau und damit mit größeren DNA-Fragmenten.[2]

Referenzen
1. Lela Buckingham: Molecular Diagnostics. F.A. Davis, 2011, ISBN 978-0-803-62975-2. S. 98.
2. Budin Michov: Elektrophorese Theorie und Praxis. Walter de Gruyter, 1996, ISBN 978-3-11-081942-7, S. 339