Farbstoffe

SafeGel red stain ist ein äußert sensitiver Fluoreszenzfarbstoff zum Färben von Nukleinsäuren, der das toxische, keimbahnmutagene Ethidiumbromid (EtBr) zum Färben von dsDNA, ssDNA oder RNA in Agarose- oder Polyacrylamidgelen ersetzt. SafeGel red stain ist viel empfindlicher als EtBr, ohne dass ein Entfärbeschritt benötigt wird. SafeGel red stain ist weniger toxisch und weniger mutagen als EtBr wobei beide praktisch dasselbe UV-Spektrum zeigen, so dass man EtBr direkt ersetzen kann, ohne existierende Imagingsysteme ersetzen zu müssen. SafeGel red stain kann dazu benutzt werden, dsDNA, ssDNA oder RNA mittels pre-staining oder post-staining in Agarosegelen > zu färben. PAGE-Gele können nur mit dem post-staining Verfahren angefärbt werden. SafeGel red stain stört auch eine weitergehende Verarbeitung der DNA, wie Restriktionverdaus, Southernblots oder Klonierungen nicht. Eine Serie von Sicherheitstests hat gezeigt, dass SafeGel red stain bei Verwendung der empfohlenen Arbeitskonzentrationen hinaus nicht giftig, nicht mutagen und nicht gefährlich ist. Als ein Resultat daraus kann der Fluoreszenzfarbstoff mit dem normalen Abfall entsorgt werden und spart damit neben dem separaten Handling des EtBr-Abfalls auch noch merklich an Entsorgungskosten. Der Fluoreszenzfarbstoff SafeGel red stain wird als 10,000X Lösung in Wasser geliefert. Diese Lösung kann direkt zum post-staining eingesetzt werden. Es hat sich gezeigt, dass die besten Ergebnisse erzielt werden, wenn der Farbstoff direkt mit der DNA in den Gelslot pipettiert wird. Lesen Sie auch in unserem Blogbeitrag, warum Sie jetzt Genaxxons SafeGel testen sollten. Für erstklassige Agarosegele bieten wir unsere Standard Agarose LE >, oder auch unsere Spezialagarosen mit hoher Auflösung Tiny (M3046) > oder Tiny HT (M3047) > an. * * *Discover our NEW Product: More Info PDF >

SafeGel green stain ist ein äußert sensitiver Fluoreszenzfarbstoff zum Färben von Nukleinsäuren, der das toxische, keimbahnmutagene Ethidiumbromid (EtBr) zum Färben von dsDNA, ssDNA oder RNA in Agarose- oder Polyacrylamidgelen ersetzt. SafeGel green stain ist viel empfindlicher als EtBr, ohne dass ein Entfärbeschritt benötigt wird. SafeGel red stain ist weniger toxisch und weniger mutagen als EtBr und kann mit Blau/Grünlicht bei 480-530nm angeregt werden. SafeGel green stain kann dazu benutzt werden, dsDNA, ssDNA oder RNA mittels pre-staining oder post-staining in Agarosegelen > zu färben. SafeGel green stain stört auch eine weitergehende Verarbeitung der DNA, wie Restriktionverdaus, Southernblots oder Klonierungen nicht. Eine Serie von Sicherheitstests hat gezeigt, dass SafeGel green stain bei Verwendung der empfohlenen Arbeitskonzentrationen hinaus nicht giftig, nicht mutagen und nicht gefährlich ist. Als ein Resultat daraus kann der Fluoreszenzfarbstoff mit dem normalen Abfall entsorgt werden und spart damit neben dem separaten Handling des EtBr-Abfalls auch noch merklich an Entsorgungskosten. Der Fluoreszenzfarbstoff SafeGel green stain wird als 10,000X Lösung in Wasser geliefert. Diese Lösung kann direkt zum post-staining eingesetzt werden. Es hat sich gezeigt, dass die besten Ergebnisse erzielt werden, wenn der Farbstoff direkt mit der DNA in den Gelslot pipettiert wird. Für erstklassige Agarosegele bieten wir unsere Standard Agarose LE >, oder auch unsere Spezialagarosen mit hoher Auflösung Tiny (M3046) > oder Tiny HT (M3047) > an.

Ethidiumbromid zählt als DNA-Interkalator zu den karzinogenen Substanzen. Um die Möglichkeit, mit dieser Substanz direkt in Kontakt zu kommen, weiter zu reduzieren, bietet Genaxx Ethidiumbromid als ready-to-use Lösung in der 'dropper bottle' an. Die Konzentration der Ethidiumbromid-Lösung ist mit 0,7mg/mL so eingestellt, dass die Zugabe von einem Tropfen (Volumen: 50μL) dieser Lösung ausreicht, um ein 50mL Agarosegel zu färben.

4',6-Diamino-2-phenylindol Dihydrochlorid (DAPI) ist ein zellpermeabler Fluoreszenzfarbstoff der selektiv an die kleine Furche der doppelsträngigen DNA binded (bevorzugt an AT-reiche DNA). Der stabile Komplex fluoresziert etwas 20-mal mehr als DAPI allein. DAPI, das einmal zu Gewebekulturzellen hinzugefügt wurde, wird schnell in zelluläre DNA aufgenommen, was hoch fluoreszierende Kerne und keine nachweisbare zytoplasmatische Fluoreszenz ergibt. Wenn die Zellen mit Mykoplasmen verunreinigt sind, werden charakteristische diskrete fluoreszierende Herde über das Zytoplasma und manchmal in interzellulären Räumen leicht nachgewiesen.  DAPI wird auch für die Fluoreszenzfärbung von Chromosomen benutzt. Herstellung von Lösungen: Stocksolution: DAPI in destilliertem Wasser zu einer Endkonzentration von 1 - 5mg/mL lösen. ACHTUNG: DAPI nicht in Pufferlösungen lösen!Arbeitslösung: Stocklösung mit Methanol zu einer Endkonzentration von 1μg/mL verdünnen. Die Arbeitslösung ist bei +2°C bis +8°C ca. 6 Monate haltbar. Storage conditions (working solution): Stock solution (1 to 5 mg/ml) at -15 to -25 °C for 12 months.Working solution (1μg/ml) at 2 to 8 °C for about 6 months.

Fast Blue B wird zur Bestimmung der Acetylcholinesterase-Aktivität verwendet. Dabei wandelt die Acetylcholinesterase 1-Naphthylacetat in 1-Naphthol um, das mit dem Farbstoff Fast Blue B zu einem purpurfarbenen Diazoniumfarbstoff reagiert. In ähnlicher Weise kann Fast Blue B auch für die α- und β-Glucosidase-Aktivität verwendet werden. Fast Blue B wurde im sauren Phosphatasetest bei Clostridium perfringens eingesetzt. Es wurde als Sprühmittel in der Dünnschichtchromatographie zur Identifizierung von getrennten Komponenten oder zur Bestimmung der Lipaseaktivität verwendet. Synonyme: o-Dianisidine bis(diazotized) zinc double salt; Azoic Diazo No. 48; DBB; Diazo Blue B; Naphthanil Diazo Blue B.

Green DNA Dye ist ein sensitiver Fluoreszenzfarbstoff für die Detektion von dsDNA in der Real-time PCR (qPCR) oder für DNA Gele (Agarose oder Polyacrylamid). Da unser Green DNA Dye eine wesentlich höhere Affinität zu dsDNA hat, ist dieser Farbstoff besonders geeignet, wenn neben der zu detektierenden dsDNA noch RNA oder ssDNA vorliegen. Mit einer außergewöhnlich niedrigen Hintergrundfluoreszenz ist der Green DNA Dye ideal für die Anwendung mit Laserscannern geeignet. Außerdem ist Green DNA Dye viel sensitiver als Silberfärbung bei der Detektion von doppelsträngiger DNA in nativen Polyacrylamidgelen. Wenn sich der grüne Fluoreszenzfarbstoff ungebunden in Lösung befindet, emittiert er nur ein sehr schwaches Fluroeszenzsignal. Sobald der Green DNA Dye aber an dsDNA gebunden ist, verstärkt sich das Signal (ca. 1000-fach!), was das Fluoreszenzsignal direkt proportional zur Menge der amplifizierten dsDNA macht. Der Genaxxon Green DNA Dye wird als 100-fach Lösung in DMSO geliefert. Die Konzentration des Farbstoffs wird traditionell als Verdünnungsfaktor angegeben, wobei die 1-fach Verdünnung verwendet wird, um DNA in Gelen zu färben. Für PCR-Reaktionen sollte man mit einer 0,2-fachen Lösung beginnen, um zu optimieren und die richtige Konzentration zu ermitteln. Unsere Kunden vertrauen auf Genaxxons Green DNA Dye und nutzen den Farbstoff u.a. bei der Erforschung der Regulation von Tomur-Suppressorgenen oder der Impfungen und der Krankheitsbilder ausgelöst durch Infektionen mit Enteroviren. Herstellung einer 10-fach Arbeitslösung für die realtime PCR: Green DNA Dye eignet sich für realtime PCR in einer Endkonzentration von 0,2X (kurze Target von 50-400bp). Verdünnen Sie die 100-fache Stammlösung 1:10 mit Nuklease-freiem Wasser (Vorverdünnung) und geben Sie von dieser Lösung 0,4µL zu einer 20μL PCR-Reaktion (20µL Endvolumen). Die 10-fach Arbeitslösung muss bei -20°C gelagert und spätestens alle 2-3 Wochen erneuert werden. Green DNA dye ist ein ungefährlicher (nicht cancerogener) Fluoreszenzfarbstoff zum Anfärben von Nukleinsäuren als Alternative zu Ethidiumbromid. Sie suchen weitere nicht-toxische Farbstoffe für Ihre Gel-Elekrophorese? Dann probieren Sie doch auch SafeGel red stain oder SafeGel green stain - die kostengünstige Alternativen zu EtBr.. Für Ihre qPCR erhalten Sie bei Genaxxon auch verschiedene qPCR Mastermixe > für Ihre jeweiligen Anforderungen mit oder ohne ROX >.Hier geht es zum Formular für Ihr qPCR Mastermix Testmuster >

HighPure Propidiumiodid (Diamino-5-(3-diethylaminopropyl)-6-phenyl-phenanthridiniumiodid-methiodid) zur selektiven Färbung von DNA in toten Zellen. Propidiumiodid wird von lebenden Zellen nicht aufgenommen. Daher werden nur tote Zellen angefärbt und können somit von lebenden Zellen diskriminiert werden. Wird in der Tumordiagnostic (Flow-Cyctometrie) genutzt. Für das Studium der mikronuklearen Morphologie von Protozoen. Propidiumiodid wird durch Licht im sichtbaren Bereich angeregt und bleicht nur langsam aus, was einen deutlichen Vorteil gegenüber DAPI darstellt. ACHTUNG: Stark kanzerogene Substanz. Valet G. et al. (1987) Blut 49, 37-43. Bei einer Konzentration von 1µg/mL sind alle DNA binding sites gesättigt/belegt.

Orange G (C.I. 16230) zum Beispiel als Tracking-Farbstoff bei der Gelelektrophorese. Zum Abstoppen des 'Electrophoretic mobility-shift assay' wird zu 20µL Probenvolumen 5µL einer Mischung aus 10% Glycerol / 0,01% Orange G gegeben. Die Proben wurden dann direkt auf ein 5%iges Polyacrylamidgel (40:1) aufgetragen. In der Agarosegelelektrophorese wird Orange G als Tracking-Dye eingesetzt. Da Orange G bei ca. 20bp bis 40bp "läuft" überdeckt es keine wichtigen DNA-Banden im Bereich größer 60bp.

Ponceau S wird für die reversible Anfärbung von geblotteten Proteinen auf Nitrozellulose benutzt, oder während des Laufes einer TAU Elektrophorese. Die reversible Anfärbung ist ideal dazu geeignet nachfolgende Immunoblots (Western Blots) oder andere Farbnachweise durchzu führen, da Ponceau S wieder vollständig entfernt werden kann. Ponceau S Färbungen sind nicht für lange Zeit stabil. Daher sollten Proteine mit einem Bleistift markiert werden. Um eine Membran anzufärben wird diese mit einer 0,1% (w/v) Ponceau S Lösung in 5% Essigsäure für 5 - 10 Minuten inkubiert. Zur Entfärbung wird die gefärbte Membran für 15 Minuten in 5% Essigsäure inkubiert. Synonym: 3-Hydroxy-4-[2-sulfo-4-(4-sulfophynylazo)-phenylazo]-2.7-naphthalindisulfonsäure.

Ponceau S wird für die reversible Anfärbung von geblotteten Proteinen auf Nitrozellulose benutzt, oder während des Laufes einer TAU Elektrophorese. Die reversible Anfärbung ist ideal dazu geeignet nachfolgende Immunoblots (Western Blots) oder andere Farbnachweise durchzu führen, da Ponceau S wieder vollständig entfernt werden kann. Ponceau S Färbungen sind nicht für lange Zeit stabil. Daher sollten Proteine mit einem Bleistift markiert werden. Um eine Membran (Nitrozellulose oder PVDF) anzufärben wird diese mit einer 0,1% - 0,5% Ponceau S Lösung in 5% Essigsäure (alternativ in 3% Trifluoressigsäure) für 5 - 10 Minuten inkubiert. Zur Entfärbung wird die gefärbte Membran für 15 Minuten in 5% Essigsäure inkubiert. Die Genaxxon Ponceau S Lösung wird als 0,1% (w/v) Lösung in 5% (v/v) Essigsäure geliefert. Synonym: 3-Hydroxy-4-[2-sulfo-4-(4-sulfophynylazo)-phenylazo]-2.7-naphthalindisulfonsäure. 

ROX wird als passiver Referenzfarbstoff verwendet, um Unterschiede in der Fluoreszenz zwischen den Wells auszugleichen, die nichts mit der PCR zu tun haben, also zur Normalisierung des fluoreszierenden Reportersignals in quantitativer Realtime PCR (qPCR) oder RT-PCR. Unterschiede in der Fluoreszenz können z.B. auftreten aufgrund von Variationen in der Lichtintensität zwischen den Wells, die von der optischen Konstruktion der PCR-Maschine herrühren, oder durch Pipettierunterschiede. Die ROX Fluoreszenz ändert sich nicht im Verlauf der PCR-Reaktion, stellt aber eine stabile Basislinie dar, auf die die Proben genormt sind. Anregung und Emission des Referenzfarbstoffs liegen bei 584nm und 612nm. Die Konzentration, die verwendet wird, hängt ab vom Realtime qPCR-Instrument oder, genauer gesagt, von dem verwendeten Filter. Bei älteren Realtime qPCR-Maschinen gibt es noch keine exakt für die ROX Fluoreszenz passenden Filter. Daher werden bei diesen Maschinen hohe Konzentrationen an ROX benötigt. Einige neuere Maschinen brauchen keinerlei internen Standard, um Unterschiede in der Lichtintensität auszugleichen. Dennoch könnte ein interner Standard nützlich sein, um Variationen beim Pipettieren zu korrigieren. Dieser Referenzfarbstoff ist qualifiziert für die Verwendung auf Instrumenten wie ABI PRISM® 7700, One-Step System, RotorGene und vielen anderen. Bitte beachten Sie die Bedienungsanleitung der jeweiligen qPCR-Maschine im Hinblick auf die adäquate Menge an ROX. Ready-to-use qPCR Mastermixe mit hoher Konzentration an ROX (High ROX, 500nM), niedriger Konzentration Low ROX (50nM) oder ohne ROX stehen Ihnen bei Genaxxon zur Verfügung (qPCR >).

Xylencyanol wird bei der Gelelektrophorese als als "Tracking"-Farbstoff zur Kontrolle der Elektrophorese verwendet. Hierzu wird es der DNA-Probe als Probenpuffer (6-fach) zugegeben. In der Summe ist das Molekül einfach negativ geladen und wandert aufgrund dieser negativen Nettoladung in dieselbe Richtung wie DNA, so dass der Farbstoff benutzt werden kann um den Fortschritt bei der Elektrophorese zu überwachen. Die Wanderungsgeschwindigkeit variiert mit der Gel-Zusammensetzung. In einem Agarosegel läuft es bei einprozentiger Agarosekonzentration wie DNA mit 4000 bis 5000 bp, bei zweiprozentiger Konzentration wie 800 bp.[1] Xylencyanol bewegt sich aufgrund ihrer vier zusätzlichen Methylgruppen und der damit erhöhten Hydrophobizität langsamer als das ebenfalls bei der Elektrophorese als "Trackingfarbstoff" verwendete Bromphenolblau und damit mit größeren DNA-Fragmenten.[2] Referenzen1. Lela Buckingham: Molecular Diagnostics. F.A. Davis, 2011, ISBN 978-0-803-62975-2. S. 98. 2. Budin Michov: Elektrophorese Theorie und Praxis. Walter de Gruyter, 1996, ISBN 978-3-11-081942-7, S. 339