NGS

NGS DNA Purification MagBeads bieten eine SPRI-basierte Chemie, die die Größenauswahl von Nukleinsäuren und die PCR-Aufreinigung für die Vorbereitung von DNA- und/oder RNA-Bibliotheken für die Sequenzierung der nächsten Generation beschleunigt und vereinfacht. Sie ist mit den gängigen Kits zur Vorbereitung von NGS-Bibliotheken kompatibel. Bei der Solid Phase Reversible Immobilization (SPRI)-Technologie werden paramagnetische Beads eingesetzt, um Nukleinsäuren wie DNA und/oder RNA selektiv nach Art und Größe zu binden. Sie müssen somit bei der DNA-Isolierung bzw. RNA-Extraktion nicht zentrifugieren oder aufwändige Filtrationsschritte durchführen. So ermöglicht SPRI sichere, hochleistungsfähige Protokolle für anspruchsvolle molekularbiologische Anwendungen wie qPCR, ddPCR, Sanger-Sequenzierung, NGS und Microarrays. NGS DNA Purification MagBeads sind mit den meisten Kits einsetzbar, die zur Herstellung von NGS-Bibliotheken (DNA und RNA) angeboten werden. Unser Kit ermöglicht den problemlosen Ersatz von Wettbewerberprodukten (Beads), z.B. AMPure XP Beads. In Kombination mit halbautomatischen und/oder automatisierten Gerätelösungen gelingt Ihnen die effiziente Aufreinigung selbst schwierigster Matrizes bei gleichzeitig reduzierter Fehlerrate und hoher Ausbeute. Wieso Reinigung und Qualitätskontrolle von DNA zur Anwendung bei der NGS?Der Reinigungsschritt ist in der Regel notwendig, um unerwünschtes Material zu entfernen, das die Sequenzierung stören könnte und zu unerwünschten Signalen führt. Einige NGS-Plattformen haben sehr strenge Anforderungen an die DNA-Fragmente, die sequenziert werden können. Das Abtrennen jeglicher DNA-Fragmente, die nicht im akzeptierten Größenbereich liegen ist dann für ein gutes Sequenzierergebnis unabdingbar.  Die optimale Bibliotheksgröße wird durch die Sequenzierungsanwendung vorgegeben. Es ist üblich, die Nukleinsäuren mit Hilfe von Magnetkügelchen zu reinigen. Die Qualitätskontrolle ist der letzte Prozess vor der Sequenzierung. Da die anschließenden Experimente zeitaufwändig und teuer sind, sind strenge Qualitätskontrollschritte erforderlich, um sicherzustellen, dass alle Proben für ihre Anwendungen geeignet sind. Die Bestätigung der Qualität und Quantität der DNA erhöht die Zuverlässigkeit der Sequenzierungsdaten! Das Protokoll unseres NGS MagBead DNA-Reinigungskit kann an die Vorgaben Ihrer aktuellen Liquid-Handling-Workstation (z. B. Beckman, Hamilton, Tecan, Caliper, Perkin Elmer, Agilent und Eppendorf) angepasst werden, wobei Ihr aktuelles Protokoll verwendet wird.

Der Genaxxon NGSClone PCR Mastermix (2x) kombiniert eine High-Fidelity DNA-Polymerase mit Hot-Start-Technologie für präzise, schnelle und zuverlässige PCR-Ergebnisse.  Ideal für anspruchsvolle Templates wie GC-reiche DNA, cDNA oder komplexe Proben aus Tier und Pflanze. Der ready-to-use Mastermix enthält alle Komponenten – nur Primer und Template hinzufügen – und eignet sich perfekt für High-Fidelity PCR und NGS-Library Preparations.NGSClone PCR Mastermix (2x) – High-Fidelity & Hot-Start für präzise PCRMaximale Genauigkeit für anspruchsvolle PCR-AnwendungenDer Genaxxon NGSClone PCR Mastermix (2x) vereint High-Fidelity DNA-Polymerase mit Antikörper-vermittelter Hot-Start-Technologie in einem ready-to-use PCR Mastermix. Entwickelt für höchste Präzision, bietet er bis zu 120-fach höhere Fidelity im Vergleich zu Standard-Taq-Polymerasen und liefert zuverlässige Ergebnisse selbst bei GC-reichen Templates. Ideal für PCR-Anwendungen in der NGS-Library Preparation, bei cDNA-Amplifikationen oder für Tier- und Pflanzenproben.Top-Features des NGSClone PCR Mastermix (2x)Extrem hohe Genauigkeit – High-Fidelity DNA-Polymerase mit 3’-5’ Exonukleaseaktivität (Proofreading) für fehlerfreie AmplifikationenSchnelle & effiziente PCR – Optimierte Enzymstruktur mit synthetisch verstärkter Domäne für hohe Prozessivität und schnelle ExtensionsratenSchnelle Amplifikation – nur 10–15 Sekunden pro kbHot-Start-Technologie – Antikörperblockierung hält die Polymerase bei Raumtemperatur inaktiv, verhindert unspezifische Amplifikationen und erhöht so die SpezifitätBreite Anwendbarkeit – Geeignet für GC-reiche DNA, cDNA, Tier- und Pflanzenproben sowie schwierige TemplatesEinfacher Workflow – Enthält alle Komponenten (Polymerase, dNTPs, optimierter Puffer); nur Primer und DNA hinzufügenIhre Vorteile im LaborSpart Zeit und reduziert PipettierschritteMinimiert KreuzkontaminationenHohe Reproduzierbarkeit der ErgebnisseStabil auch nach wiederholtem Einfrieren und AuftauenAnwendungsbereiche High-Fidelity PCR für fehlerfreie Klonierung PCR für GC-reiche Templates cDNA-Amplifikation NGS-Library Preparation Standard-PCR mit hoher Präzision Der Genaxxon NGSClone PCR Mastermix (2x) – für schnelle, präzise und zuverlässige PCR-Ergebnisse bei maximaler Benutzerfreundlichkeit.Der Genaxxon NGSClone PCR Mastermix Red (2x) ist auch ohne roten Farbstoff erhältlich.

Der Genaxxon NGSClone PCR Mastermix Red (2x) kombiniert eine High-Fidelity DNA-Polymerase mit Hot-Start-Technologie und einem integrierten roten Loading Dye für präzise, schnelle und zuverlässige PCR-Ergebnisse – ganz ohne zusätzlichen Farbstoff vor der Gelelektrophorese. Nach der PCR können die Produkte direkt auf das Agarosegel aufgetragen werden, was Zeit spart und Pipettierschritte reduziert. Ideal für anspruchsvolle Templates wie GC-reiche DNA, cDNA oder komplexe Proben aus Tier und Pflanze. Der ready-to-use Mastermix enthält alle Komponenten – nur Primer und Template hinzufügen – und eignet sich perfekt für High-Fidelity PCR und NGS-Library Preparations.NGSClone PCR Mastermix Red (2x) – High-Fidelity & Hot-Start & Loading Dye Maximale Genauigkeit für anspruchsvolle PCR-AnwendungenDer Genaxxon NGSClone PCR Mastermix Red (2x) vereint High-Fidelity DNA-Polymerase mit Antikörper-vermittelter Hot-Start-Technologie sowie integriertem roten Loading Dye in einem ready-to-use PCR Mastermix. Entwickelt für höchste Präzision, bietet er bis zu 120-fach höhere Fidelity im Vergleich zu Standard-Taq-Polymerasen und liefert zuverlässige Ergebnisse selbst bei GC-reichen Templates. Ideal für PCR-Anwendungen in der NGS-Library Preparation, bei cDNA-Amplifikationen oder für Tier- und Pflanzenproben.Dank des enthaltenen Loading Dyes können PCR-Produkte ohne zusätzliche Vorbereitung direkt auf das Gel geladen werden.Top-Features des NGSClone PCR Mastermix Red (2x)Extrem hohe Genauigkeit – High-Fidelity DNA-Polymerase mit 3’-5’ Exonukleaseaktivität (Proofreading) für fehlerfreie AmplifikationenSchnelle & effiziente PCR – Optimierte Enzymstruktur mit synthetisch verstärkter Domäne für hohe Prozessivität und schnelle ExtensionsratenSchnelle Amplifikation – nur 10–15 Sekunden pro kbHot-Start-Technologie – Antikörperblockierung hält die Polymerase bei Raumtemperatur inaktiv, verhindert unspezifische Amplifikationen und erhöht so die SpezifitätIntegrierter roter Loading Dye – PCR-Produkt kann direkt nach der Amplifikation auf das Gel aufgetragen werdenBreite Anwendbarkeit – Geeignet für GC-reiche DNA, cDNA, Tier- und Pflanzenproben sowie schwierige TemplatesEinfacher Workflow – Enthält alle Komponenten (Polymerase, dNTPs, optimierter Puffer); nur Primer und DNA hinzufügenIhre Vorteile im LaborSpart Zeit und reduziert PipettierschritteMinimiert KreuzkontaminationenDirekter Gel-Load ohne zusätzlichen FarbstoffHohe Reproduzierbarkeit der ErgebnisseStabil auch nach wiederholtem Einfrieren und AuftauenAnwendungsbereiche High-Fidelity PCR für fehlerfreie Klonierung PCR für GC-reiche Templates cDNA-Amplifikation NGS-Library Preparation Standard-PCR mit hoher Präzision Der Genaxxon NGSClone PCR Mastermix Red (2x) – für schnelle, präzise und zuverlässige PCR-Ergebnisse bei maximaler Benutzerfreundlichkeit.Der Genaxxon NGSClone PCR Mastermix (2x) ist auch ohne roten Farbstoff erhältlich.

T4 DNA Ligase katalysiert die Bildung von Phosphodiesterbindungen zwischen 5' Phosphat and 3' Hydroxyenden in Doppelstrang DNA/RNA. Das Enzym kann sowohl glatte (blunt-end), als auch kohäsive DNA-Enden in duplex DNA/RNA verbinden. Es repariert Einzelstrangbrüche in Duplex DNA, RNA und DNA/RNA Hybriden.Ligation von kohäsiven Enden:Im Allgemeinen reicht eine 30 minütige Inkubation bei 20°C aus. Inkubationsbedingungen von 16°C für 4-16 Stunden werden aber ebenfalls regelmäßig eingesetzt. Die Ligation von glatten Enden oder von Einzelbasenüberhängen benötigt wesentlich mehr Enzym um dieselbe Effektivität wie die Ligation von kohäsiven Enden zu erreichen. Die Ligationseffizienz kann durch Zusatz von PEG oder durch Reduktion der rATP-Konzentration erhöht werden.- T4-DNA-Ligase benötigt ATP > als Cofaktor. - T4-DNA-Ligase wird durch NaCL oder KCl ab einer Konzentration von 200 mM stark gehemmt.- Um dieselbe Effizienz, wie bei der Ligation von kohäsiven Enden zu erreichen, erfordert die Ligation von blunt-end Fragmenten und Einzelbasenpaar-Überhängen etwas 50-mal mehr Enzym.- Die Ligation von blunt-end Fragmenten kann durch Zugabe von PEG 4000 (10% w/v) Endkonzentration, Hexaminchlorid oder durch Reduzierung der ATP-Konzentration auf 50µM verbessert werden.- Zur Verdünnung der T4-DNA-Ligase für die anschließende Lagerung bei -20 °C wird die Verwendung eines Lagerpuffers mit 50% Glycerin empfohlen.- Zur Verdünnung der T4-DNA-Ligase für den sofortigen Gebrauch wird die Verwendung von 1x Reaktionspuffer empfohlen.Für die PCR empfehlen wir unsere kostengünstige Taq DNA Polymerase S (M3001 >), oder unsere Pfu Proofreading Polymerase (M3004 >).Anwendungen• Klonierung von PCR-Produkten • Klonierung von mit Restriktionsenzymen erzeugten DNA-Fragmenten• Verbindung von doppelsträngigen Oligonukleotid-Linkern oder Adaptern mit DNA• ortsspezifische Mutagenese• Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP)• Nick-Reparatur in Duplex-DNA, RNA oder DNA/RNA-Hybriden• Selbstzirkulation linearer DNA.Definition der T4-Ligase-Aktivität:Es gibt 2 unterschiedliche Definitionen der Ligaseaktivität!Eine Weiss unit ist definiert als Menge an Enzym die benötigt wird, um 1nmol mit 32P gelabeltes, anorganisches Pyroposphat in 20 Minuten bei 37°C in Norit* absorbierbares Material bei spezifischen Reaktionsbedingungen zu konvertieren (Weiss, B., et al., (1968) J. Biol. Chem., 243, 4543). *Norit ist eine Art aktivierter Kohlenstoff.A Cohesive End Unit ist definiert als die Enzymmenge, die erforderlich ist, um 50% der Hind-III-Fragmente der Lambda-DNA (5'-DNA-Termini-Konzentration von 0,12µM (300µg/mL)) in 20µL 1X T4-DNA-Ligasepuffer in 30 Minuten bei 16 °C zu ligieren.Der Umrechnungsfaktor zwischen den beiden Aktivitäten ist: Eine Cohesive End Ligation units (CEL units) entspricht 0,015 Weiss units. Eine Weiss unit entspricht somit 66,67 Cohesive End Ligation units (CEL units).

Genaxxon’s DNA Library Prep Kit for Illumina is your universal solution for preparing high-quality libraries for sequencing on Illumina high-throughput platforms. Designed to convert fragmented DNA input ranging from 1 ng to 1 μg into sequencing-ready libraries, this kit offers unmatched efficiency and reliability for your sequencing projects.WorkflowKey Features:Wide Compatibility: Ideal for various sample types, including low-quality FFPE and cfDNA, as well as conventional DNA samples.High Efficiency: Delivers superior library conversion rates, ensuring maximum yield from your input DNA.Accurate Detection: Enables precise identification of low-frequency mutations, making it perfect for sensitive sequencing applications.Streamlined Workflow: Experience a seamless, four-step workflow that completes in approximately three hours—all within a single reaction tube. This process eliminates the need for intermediate purification and sample transfers, reducing the risk of handling errors and preserving the integrity of your samples. With DNA Repair Enzymes II, the kit effectively repairs a wide range of DNA damages, including nicks, gaps, and oxidized bases, ensuring the highest quality libraries for your sequencing needs. Applications: Whole-genome sequencing Whole-exome or targeted capture sequencing Amplicon sequencing ChIP sequencing Metagenome sequencing Methylation sequencing Optimized for IlluminaThe resulting libraries are fully compatible with standard Illumina® sequencing reagents and protocols, delivering exceptional performance for high-coverage deep sequencing, de novo sequencing, and whole-genome resequencing projects.Compatibility: This kit is fully compatible with Genaxxon’s Unique Dual Index primer pairs. For 24 reactions, use the UDI MidiSet (M4402). For 96 reactions, you can either use 2x UDI Set A (M4403) or 1x UDI Set A (M4403) and 1x UDI Set B (M4404).

Genaxxon’s DNA Library Prep Kit PLUS for Illumina is an advanced solution designed to enhance your sequencing workflow on Illumina high-throughput platforms. This kit simplifies DNA library preparation by integrating DNA fragmentation, end repair, and dA-tailing into a single step. With adapter ligation, library amplification, and size selection performed directly—without additional purification—the entire process is completed in just 2 hours.WorkflowKey Features:Efficient Workflow: Streamline your process by performing fragmentation, end repair, and dA-tailing with a single enzyme mix, finishing in under 2 hours.Versatile Insert Sizes: Customize your insert sizes by adjusting fragmentation time, while minimizing inversions and chimeras for optimal results.Broad Compatibility: Designed for diverse DNA sources, with strict background bacterial control for accurate pathogen detection.Optimized Performance: The Genaxxon DNA Library Prep Kit PLUS is compatible with DNA from various sources, including challenging samples like FFPE DNA. Enhanced reagent optimization reduces false positives, improving sequencing yield and overall results. This kit is particularly well-suited for constructing PCR-free libraries using 100 ng of high-quality genomic DNA. Applications: Whole-genome sequencing Exon or other targeted sequencing Metagenomic sequencing Optimized for IlluminaGenaxxon’s DNA Library Prep Kit PLUS delivers exceptional performance for a range of sequencing applications, ensuring your libraries are fully compatible with Illumina® sequencing reagents and protocols, making it the ideal choice for efficient, high-quality sequencing preparation.Compatibility: This kit is fully compatible with Genaxxon’s Unique Dual Index primer pairs. For 24 reactions, use the UDI MidiSet (M4402). For 96 reactions, you can either use 2x UDI Set A (M4403) or 1x UDI Set A (M4403) and 1x UDI Set B (M4404).

Genaxxon NGSQuant 1X dsDNA HS Assay Kit is a rapid, highly sensitive, and accurate solution for the quantitative detection of double-stranded DNA (dsDNA) using fluorescence. This kit is specifically designed for dsDNA, offering excellent linearity in the range of 0.2 ng to 100 ng, with a quantitation range of 10 pg/µL to 100 ng/µL.The user-friendly kit provides a ready-to-use working solution that simplifies the dsDNA quantification process on Qubit® fluorometers or fluorescence microplate readers. It is an ideal choice for large-scale DNA sample quantification in next-generation sequencing (NGS) applications, including input DNA and DNA library quantification. Additionally, the kit demonstrates robust tolerance to common contaminants, such as proteins and salts, ensuring reliable results across various sample types.Highlights Rapid, highly sensitive, and accurate fluorescent detection of double-stranded DNA (dsDNA). Excellent linearity in the range of 0.2 ng to 100 ng. Quantitation range of 10 pg/µL to 100 ng/µL. Ready-to-use working solution for easy operation. Compatible with Qubit® fluorometers and fluorescence microplate readers. Tolerant to common contaminants such as proteins and salts. Applications The NGSQuant 1X dsDNA HS Assay Kit is suitable for: Large-scale DNA sample quantification for next-generation sequencing (NGS). Input DNA quantification for NGS workflows. DNA library quantification for various sequencing applications.

Genaxxon NGSQuant dsDNA HS Assay Kit for Qubit is a highly efficient, fluorescence-based solution for rapid and sensitive quantification of double-stranded DNA (dsDNA). This kit provides accurate measurements for initial DNA concentrations ranging from 10pg/µL to 100ng/µL, making it ideal for a variety of applications, including next-generation sequencing (NGS) and DNA library quantification. With its easy-to-use format and compatibility with Qubit fluorometers, the kit delivers fast, reliable, and precise dsDNA measurements for laboratories focused on high-quality data. Highlights Fast and accurate quantificationPrecise dsDNA measurement for concentrations ranging from 10pg/µL to 100ng/µLSelective detectionHigh contaminant tolerance - Performs reliably even in the presence of salts, solvents, detergents, and proteins. Complete kit – Includes concentrated assay reagent, dilution buffer, and DNA standards. Optimized for NGS – Perfect for quantifying input DNA for next-generation sequencing and DNA library quantification. Applications The NGSQuant dsDNA HS Assay Kit can be used for:Quantification of input DNA for next-generation sequencing (NGS)DNA library quantificationSuitable for use with Qubit fluorometers for precise dsDNA measurements

Genaxxon’s 2X Oligo (dT)25 Capture Beads offer a reliable and efficient solution for isolating poly(A) RNA from purified total RNA samples. This capture method is based on the binding between the poly(A) tail at the 3' end of mRNA and the Oligo d(T) sequence on the magnetic microsphere. With a streamlined protocol, the capture process is completed in under 1 hour, making it ideal for fast and accurate RNA preparations. Key Features:High Specificity: Ensures targeted capture of poly(A) RNA from total RNA samples.Fast Protocol: Achieve RNA isolation in under 1 hour.Consistent Results: Every kit batch undergoes rigorous quality control and is verified through library preparation and sequencing, ensuring reliable and reproducible results.Complete Kit: Includes all required reagents, optimized for poly(A) RNA isolation.Applications: RNA purification for downstream applications such as RNA sequencing, RT-PCR, and gene expression analysis. Poly(A) RNA enrichment from total RNA samples for high-throughput sequencing.Seamless Compatibility: Fully compatible with Genaxxon’s FAST RNA-seq Library Prep Kit, offering an integrated workflow for RNA capture and library preparation.

Genaxxon’s rRNA Depletion Module offers a precise and efficient solution for removing ribosomal RNA (rRNA) from total RNA samples, enhancing the quality of RNA for downstream applications such as sequencing and transcriptome analysis. Tailored for prokaryotic RNA, this module effectively targets and depletes rRNA, reducing its interference in RNA sequencing results.Key Features:Specifically designed to deplete rRNA from prokaryotic RNA samples.Efficient Removal: Significantly reduces rRNA levels, enriching non-ribosomal RNA for accurate analysis.Streamlined Process: Simplifies sample preparation, ensuring high-quality RNA for subsequent applications.Rigorous Quality Control: Each batch undergoes thorough testing to ensure consistent performance. Applications: RNA sequencing for prokaryotes Transcriptome analysis of bacterial and other prokaryotic samplesSeamless Compatibility:Fully compatible with Genaxxon’s FAST RNA-seq Library Prep Kit, offering an integrated workflow for RNA capture and library preparation.

Genaxxon’s Unique Dual Index Midi Set is designed for precise and efficient sample preparation in Next Generation Sequencing on Illumina platforms. This set includes 24 unique dual index primer pairs (UDI Primers 1-24), ideal for small to medium-scale projects.Key Features:High Ligation Efficiency: Maximizes library output with minimal adapter dimer formation, ensuring superior performance.Enhanced Detection Accuracy: Effectively prevents data crosstalk, crucial for low-frequency mutation detection and low-abundance pathogen analysis.Truncated Adapters: Includes 15 μM truncated adapters with an 8-nucleotide sample index length for accurate and reliable indexing.Applications: Ideal for DNA or RNA library preparation on Illumina platforms, perfectly compatible with the 24 reactions of: Genaxxon DNA Library Prep Kit for Illumina (M4400) Genaxxon DNA Library Prep Kit PLUS for Illumina (M4401)

Genaxxon’s Unique Dual Index Set A is designed for precise and efficient sample preparation in Next Generation Sequencing on Illumina platforms. This set includes 48 unique dual index primer pairs (UDI Primers 1-48), ideal for medium-scale to large projects.Key Features:High Ligation Efficiency: Maximizes library output with minimal adapter dimer formation, ensuring superior performance.Enhanced Detection Accuracy: Effectively prevents data crosstalk, crucial for low-frequency mutation detection and low-abundance pathogen analysis.Truncated Adapters: Includes 15 μM truncated adapters with an 8-nucleotide sample index length for accurate and reliable indexing.Applications: Ideal for DNA or RNA library preparation on Illumina platforms, perfectly compatible with the 96 reactions of (either 2xUDI Set A or UDI Set A combined with UDI Set B): Genaxxon DNA Library Prep Kit for Illumina (M4400) Genaxxon DNA Library Prep Kit PLUS for Illumina (M4401)

Genaxxon’s Unique Dual Index Set B is designed for precise and efficient sample preparation in Next Generation Sequencing on Illumina platforms. This set includes 48 unique dual index primer pairs (UDI Primers 49-96), ideal for medium-scale to large projects.Key Features:High Ligation Efficiency: Maximizes library output with minimal adapter dimer formation, ensuring superior performance.Enhanced Detection Accuracy: Effectively prevents data crosstalk, crucial for low-frequency mutation detection and low-abundance pathogen analysis.Truncated Adapters: Includes 15 μM truncated adapters with an 8-nucleotide sample index length for accurate and reliable indexing.Applications: Ideal for DNA or RNA library preparation on Illumina platforms, perfectly compatible with the 96 reactions of (either 2xUDI Set A or UDI Set A combined with UDI Set B): Genaxxon DNA Library Prep Kit for Illumina (M4400) Genaxxon DNA Library Prep Kit PLUS for Illumina (M4401)