DNA Q-Extraction Solution

Taq PCR Mastermix für sichere und zuverlässige PCR-Ergebnisse: für Standardanwendungen (z.B. Screening) in der Standard PCR für <5kb Amplikonlänge, wird in Aliquots von 1,25mL verschickt. Der 2-fach PCR Mastermix ist eine fertige Mischung (ready-to-use) aus Taq DNA Polymerase dNTPs MgCl2 Reaktionspuffer in einer optimalen Konzentration für die effiziente Amplifikation von DNA Templates mittels PCR. Es müssen nur noch die Primer und die Template DNA dazu gegeben werden. Dieser PCR Mastermix wurde für die Verwendung in der Standard PCR bis 4 kb Amplikonlänge entwickelt. Die spezielle Zusammensetzung des Puffers garantiert reproduzierbare Ergebnisse selbst nach wiederholten Auftau- und Einfrierzyklen. Unsere Agarosen > und DNA Marker > sind ideal für die nachfolgende Elektrophorese geeignet.

PCR MasterMix mit rotem Farbstoff für die visuelle Kontrolle der Pipettierschritte: Nach der PCR kann die Elektrophorese ohne Zugabe von Ladepuffer gefahren werden. Dadurch ist dieser PCR MasterMix (2x) zeit- und kostensparend. Der PCR RedMasterMix (2x) mit rotem Farbstoff zeichnet sich zudem durch eine hohe Spezifität für beste Ergebnisse aus. Der PCR MasterMix (2x) ist eine optimierte Mischung (ready-to-use) aus: - Taq DNA Polymerase- dNTPs- MgCl2- rotem Farbstoff- Reaktionspuffer  für die effiziente Amplifikation von DNA Templates mittels PCR. Es müssen nur noch die Primer und die Template DNA dazu gegeben werden. Gleichzeitig enthält der PCR Mastermix noch einen Zusatz und einen roten Farbstoff, der es ermöglicht, eine anschließende Elektrophorese ohne Zugabe von Ladepuffer zu fahren. Dieser PCR RedMastermix wurde für die Verwendung in der Routine PCR bis 4 kb Amplikonlänge entwickelt. Die spezielle Zusammensetzung des Puffers garantiert reproduzierbare Ergebnisse selbst nach wiederholten Auftau- und Einfrierzyklen. Der PCR Mastermix mit rotem Farbstoff wird in praktischen Aliquots von 1,25mL verschickt. Unser RedMastermix kann auch für die Sanger Sequenzierung eingesetzt werden. Hierzu den PCR-Ansatz nach der PCR 1:8 verdünnen, oder mittels Spin-Säulchen aufreinigen und anschließend auftragen. Lesen Sie jetzt in unserem Blogbeitrag, wie Genaxxons RedMasterMix auch Ihnen Ihre Laborarbeit vereinfachen kann. Unsere Agarosen > und DNA Marker > sind ideal für die nachfolgende Elektrophorese geeignet.

Genaxxon’s FAST DNA polymerase (2X) MasterMix with dye is the master mix of our FAST DNA polymerase (M3285) which is a robust enzyme, ideally suited for applications like genotyping and screening, amplifying with extreme speed of up to 2 seconds per 1kb, as well as high yield and consistency. FAST DNA polymerase has 5’-3’ exonuclease activity, but no 3’-5’ exonuclease (proofreading) activity. PCR products generated with this enzyme are A-tailed and can thus be cloned into TA cloning vectors. The extreme speed of Genaxxon’s FAST DNA polymerase allows the use of an extension rate of 4-8 kb/min. Genaxxon bioscience’s FAST DNA Polymerase (2X) MasterMix with dye includes all components needed for a fast PCR, except the primers. Besides this, it includes an inert red tracking dye for gel electrophoresis. Therefore, upon completion of the PCR, the reaction is ready for direct loading onto an agarose gel without the need of adding an additional loading buffer.Example of a typical PCR protocol (graphical presentation)* Ta is the annealing temperature (Ta should be 2°C above Tm**)  ** Tm is the melting temperature of a primer which is defined as the temperature at which 50% of the primer bind to the complementary sequence of the target DNA. Please note: By increasing Ta above Tm, this percentage decreases, however, primers will still anneal up to a certain degree and initiate extension. Therefore, PCR would still work with a Ta of several degrees higher than the Tm but with a dramatically reduced efficiency. Hence, we recommend optimizing the Ta by performing a temperature gradient (e.g., starting at the lowest Tm or a few degrees below and increasing with 2°C increments). *** Largest tested amplicon size: 5kb. Please note that longer extension times may be required for targets larger than 5kb!

Ready-to-use PCR Mastermix mit rotem Loading Dye für die visuelle Kontrolle der Pipettierschritte und zusätzlichem Fluoreszenzfarbstoff zur schnellen und einfachen Detektion der DNA-Banden. Nach der PCR kann der PCR-Ansatz direkt, ohne Zugabe von Ladepuffer, in die Geltaschen pipettiert werden. Dadurch ist der RedMasterMix Fluoro (2x) mit Fluoreszenzfarbstoff noch zeit- und kostensparender als unser bewährter Red Mastermix. Der RedMasterMix Fluoro (2x) zeichnet sich zudem durch eine hohe Spezifität für beste Ergebnisse aus. Der RedMasterMix Fluoro (2x) ist eine fertige Mischung (ready-to-use) aus: - Taq DNA Polymerase- Reaktionspuffer - dNTPs- MgCl2- rotem Loading Dye- Fluoreszenzfarbstoff zur Detektion der PCR-Banden in einer optimalen Konzentration für die effiziente Amplifikation von DNA Templates mittels PCR. Es müssen nur noch die Primer und die Template DNA dazu gegeben werden. Gleichzeitig enthält der PCR Mastermix noch einen Zusatz und einen roten Farbstoff, der es ermöglicht, eine anschließende Elektrophorese ohne Zugabe von Ladepuffer zu fahren. Nach der Elektrophorese erfolgt die Detektion direkt unter Blaulicht (ca. 490nm), ohne weiteres Anfärben. Dies spart zusätzlich Zeit und Kosten. Der RedMasterMix Fluoro (2x) mit Fluoreszenzfarbstoff wurde für die Verwendung in der Routine PCR bis 4 kb Amplikonlänge entwickelt. Die spezielle Zusammensetzung des Puffers garantiert reproduzierbare Ergebnisse selbst nach wiederholten Auftau- und Einfrierzyklen. Unser RedMasterMix (2x) Fluoro wird in praktischen Aliquots von 1,25mL verschickt.Bitte beachten Sie: Der enthaltene Farbstoff zeigt zar einen kleinen Anregungspeak im UV-Bereich, die Fluoreszenz ist jedoch deutlich intensiver bei Anregung mit Blaulicht (490nm). Wir empfehlen daher die Nutzung von Blaulicht, um die bestmöglichen Ergebnisse zu erzielen.Einmaliges Testmuster zum Sonderpreis erhältlich! Keine Versandkosten bei Versand innerhalb Deutschlands! Der Testmusterpreis wird bei der ersten offiziellen Bestellung des Produkts zurückerstattet. Unsere Agarosen > und DNA Marker > sind ideal für die nachfolgende Elektrophorese geeignet.

Hochspezifischer Hotstart Mastermix für Routine und Diagnostik bis 4kb, auch qPCR. Ready-to-use, bestehend aus: chemisch modifizierte Taq DNA Polymerase PCR-Puffer dNTPs MgCl2 für die HotStart PCR und qPCR. Der Super Hotstart Mastermix ist eine fertige Mischung bei optimaler Konzentration für die effiziente Amplifikation von DNA Templates mittels Hotstart PCR und qPCR. Es müssen nur noch die Primer und die Template DNA dazu gegeben werden. Dieser PCR Hotstart Mastermix wurde für die Verwendung in der Routine und der Diagnostik bis 4 kb Amplikonlänge entwickelt. Die spezielle Zusammensetzung des Puffers garantiert reproduzierbare Ergebnisse selbst nach wiederholten Auftau- und Einfrierzyklen. Der Hotstart Mastermix wird in Aliquots von 1,25mL verschickt. Diesen Mastermix gibt es auch als SuperHot Mastermix Blue > für die visuelle Kontrolle der Pipettierschritte. Mit unseren hochwertigen dNTPs als Set (M3015.4100 und M3015.0250) >, als Mix (M3016.1010) > oder unseren DNA-Markern > und unserer günstigen Standardagarose > bieten wir Ihnen weitere Produkte für die PCR.

Genaxxon’s FAST HotStart DNA polymerase (2X) MasterMix with dye is the master mix of our FAST HotStart DNA polymerase (M3287) which is a robust enzyme, ideally suited for applications like genotyping and screening, amplifying with extreme speed of up to 2 seconds per 1kb, as well as high yield and consistency.PCR products generated with this enzyme are A-tailed and can thus be cloned into TA cloning vectors. The extreme speed of Genaxxon’s FAST HotStart DNA polymerase allows the use of an extension rate of 4-8 kb/min. The buffer composition has been optimized via high-throughput screening and makes the enzyme particularly resistant to PCR inhibitors. Due to its robustness, Genaxxon’s FAST HotStart DNA polymerase (2X) MasterMix with dye is suitable for direct PCR from unpurified samples, including blood, urine, and bacterial colonies, making it the ideal choice for consistent results in fast complex PCR amplifications. Besides this, it includes an inert red tracking dye for gel electrophoresis. Therefore, upon completion of the PCR, the reaction is ready for direct loading onto an agarose gel without the need of adding an additional loading buffer.Example of a typical PCR protocol (graphical presentation)* Ta is the annealing temperature (Ta should be 2°C above Tm**)  ** Tm is the melting temperature of a primer which is defined as the temperature at which 50% of the primer bind to the complementary sequence of the target DNA. Please note: By increasing Ta above Tm, this percentage decreases, however, primers will still anneal up to a certain degree and initiate extension. Therefore, PCR would still work with a Ta of several degrees higher than the Tm but with a dramatically reduced efficiency. Hence, we recommend optimizing the Ta by performing a temperature gradient (e.g., starting at the lowest Tm or a few degrees below and increasing with 2°C increments). *** Largest tested amplicon size: 5kb. Please note that longer extension times may be required for targets larger than 5kb!

Der RedMastermix Hot (2x) von Genaxxon für den schnellen und einfachen PCR-Ansatz und hohe Reproduzierbarkeit bei standardisierten Anwendungen (Colony PCR, High-throughput PCR, Automated PCR applications). Der Mastermix enthält einen roten Farbstoff, der das direkte Auftragen des PCR-Produktes auf das Gel ermöglicht, wobei der rote Farbstoff das Monitoring des Gellaufs ermöglicht. Gegenüber Standard Taq PCR Mastermixen ergibt die Hotstart Polymerase und die optimierte Puffermischung mit MgCl2 und dNTP eine erhöhte Ausbeute bei Amplikons bis 6kb auch unter Fast PCR-Bedingungen. Hotstart Mastermix für Routineanwendungen bis 6kb (2kb bei FAST-PCR). Ready-to-use, bestehend aus: Antikörper inhibierte Taq DNA Polymerase optimierter PCR-Puffer dNTPs MgCl2 für die HotStart PCR und qPCR. Ready-to-use Hotstart Mastermix. Es müssen nur noch die Primer und die Template DNA dazu gegeben werden. Die spezielle Zusammensetzung des Puffers garantiert reproduzierbare Ergebnisse selbst nach wiederholten Auftau- und Einfrierzyklen. Der Hotstart Mastermix wird in Aliquots von 1mL verschickt. Mit unseren hochwertigen dNTPs als Set (M3015.4100 und M3015.0250) >, als Mix (M3016.1010) > oder unseren DNA-Markern > und unserer günstigen Standardagarose > bieten wir Ihnen weitere Produkte für die PCR.

Der Genaxxon NGSClone PCR Mastermix (2x) kombiniert eine High-Fidelity DNA-Polymerase mit Hot-Start-Technologie für präzise, schnelle und zuverlässige PCR-Ergebnisse.  Ideal für anspruchsvolle Templates wie GC-reiche DNA, cDNA oder komplexe Proben aus Tier und Pflanze. Der ready-to-use Mastermix enthält alle Komponenten – nur Primer und Template hinzufügen – und eignet sich perfekt für High-Fidelity PCR und NGS-Library Preparations.NGSClone PCR Mastermix (2x) – High-Fidelity & Hot-Start für präzise PCRMaximale Genauigkeit für anspruchsvolle PCR-AnwendungenDer Genaxxon NGSClone PCR Mastermix (2x) vereint High-Fidelity DNA-Polymerase mit Antikörper-vermittelter Hot-Start-Technologie in einem ready-to-use PCR Mastermix. Entwickelt für höchste Präzision, bietet er bis zu 120-fach höhere Fidelity im Vergleich zu Standard-Taq-Polymerasen und liefert zuverlässige Ergebnisse selbst bei GC-reichen Templates. Ideal für PCR-Anwendungen in der NGS-Library Preparation, bei cDNA-Amplifikationen oder für Tier- und Pflanzenproben.Top-Features des NGSClone PCR Mastermix (2x)Extrem hohe Genauigkeit – High-Fidelity DNA-Polymerase mit 3’-5’ Exonukleaseaktivität (Proofreading) für fehlerfreie AmplifikationenSchnelle & effiziente PCR – Optimierte Enzymstruktur mit synthetisch verstärkter Domäne für hohe Prozessivität und schnelle ExtensionsratenSchnelle Amplifikation – nur 10–15 Sekunden pro kbHot-Start-Technologie – Antikörperblockierung hält die Polymerase bei Raumtemperatur inaktiv, verhindert unspezifische Amplifikationen und erhöht so die SpezifitätBreite Anwendbarkeit – Geeignet für GC-reiche DNA, cDNA, Tier- und Pflanzenproben sowie schwierige TemplatesEinfacher Workflow – Enthält alle Komponenten (Polymerase, dNTPs, optimierter Puffer); nur Primer und DNA hinzufügenIhre Vorteile im LaborSpart Zeit und reduziert PipettierschritteMinimiert KreuzkontaminationenHohe Reproduzierbarkeit der ErgebnisseStabil auch nach wiederholtem Einfrieren und AuftauenAnwendungsbereiche High-Fidelity PCR für fehlerfreie Klonierung PCR für GC-reiche Templates cDNA-Amplifikation NGS-Library Preparation Standard-PCR mit hoher Präzision Der Genaxxon NGSClone PCR Mastermix (2x) – für schnelle, präzise und zuverlässige PCR-Ergebnisse bei maximaler Benutzerfreundlichkeit.Der Genaxxon NGSClone PCR Mastermix Red (2x) ist auch ohne roten Farbstoff erhältlich.

AQ97 Hot Start High Fidelity DNA Polymerase ist eine proofreading Polymerase mit hoher Amplifikationsgeschwindigkeit und sehr hoher Genauigkeit (>60-fach) gegenüber Taq DNA Polymerase. AQ97 ist ideal für schwierige Targets mit sehr niedrigem oder hohem GC-Gehalt geeignet. Neben diesen Eigenschaften zeichnet sich die AQ97 auch durch Ihre Eignung, lange Targets bis zu 18 kb, zu amplifizieren aus. Dies führt zu sehr genauen und zuverlässigen PCR-Ergebnissen.  AQ97 High Fidelity DNA Polymerase besitzt sowohl eine 5'→3' DNA Polymerase-Aktivität als auch eine 3'→5' proofreading Exonuklease-Aktivität, die es dieser Polymerase ermöglicht, Basenpaar-Fehlpaarungen zu korrigieren. AQ97 High Fidelity DNA Polymerase ist ein fusionierter Proteinkomplex aus DNA-Polymerase mit einer prozessivitätssteigernden DNA-Bindungsdomäne. Neben einer sehr schnellen und robusten Amplifikation komplexer und langer Zielmoleküle zeichnet sich die AQ97 High Fidelity DNA Polymerase durch eine hohe Genauigkeit aus, was dazu führt, dass auch für lange Amplicons eine genaue Amplifikation gewährleistet ist. Dadurch eignet sich die AQ97 besonders für PCR-Experimente, die eine Amplifikation mit sehr niedrigen Fehlerraten erfordern, wie z. B. Klonen/Subklonen, NGS-Anwendungen, SNP-Analysen und Mutagenese. Eigenschaften: • High Fidelity: >60x Taq fidelity• High elongation rate: 10 sec/kb (bis 6000bp per minute) • Built in hot start technology• Long range amplification: 18 kb for human gDNA• 5'-3' polymerase acitivity and 3'-5' exonuclease activity.• generates blund ends. Bild 1: Die Vergleichswerte der Genauigkeitswerte für die AQ97-DNA-Polymerase, die AccuPol-DNA-Polymerase, die beiden Wettbewerber High-Fidelity-DNA-Polymerasen "P" und "Q" und die Taq-DNA-Polymerase wurden durch eine NGS-basierte Analyse des Nukleotid-Fehleinbaus während der PCR ermittelt. Die PCR-Amplifikation wurde mit einem synthetischen DNA-Target von etwa 200 bp durchgeführt, wobei für jede der getesteten Polymerasen PCR-Produkte erzeugt wurden (unter Verwendung der empfohlenen Setup-Bedingungen). Bild 2: Acht verschiedene humane genomische DNA-Targets mit einer Länge von 400 bis 800 bp und einem GC-Gehalt zwischen 29% und 78% wurden mit dem AQ97 Hot Start High Fidelity DNA Polymerase 2x Master Mix amplifiziert. Für alle Targets wurde eine robuste Amplifikation beobachtet. Für Targets mit einem GC-Gehalt von mehr als 70% wurde der Reaktionsmischung 2 M Betain Enhancer Solution zugesetzt. Marker: M.  Bild 3: Es wurden fünf verschiedene Targets aus menschlicher genomischer DNA mit einer Länge von 2 kb bis 17,5 kb amplifiziert. Für alle Targets wurde eine robuste Amplifikation mit dem AQ97 Hot Start High Fidelity DNA Polymerase 2x Master Mix beobachtet, was die Fähigkeit des Master Mixes zur Amplifikation großer und komplexer Targets belegt. Die Amplikongrößen sind am oberen Rand des Gels angegeben. Marker M: High Range DNA-Leiter.

Die Genaxxon SNP Pol DNA-Polymerase, die für den SNP Pol DNA-Polymerase 2X Mastermix eingesetzt wird, wurde speziell für die einfache, verlässliche und schnelle spezifische Unterscheidung von Allelen, z. B. bei CRISPR/Cas9-gesetzten Punktmutationen, beim Erkennen falscher CRISPR/Cas9-Produkte oder bei der Validierung von Sequenzierergebnissen, entwickelt. Die SNP Pol DNA-Polymerase erkennt hochspezifisch, ob eine Fehlpaarung (Mismatch) des Primer-Template-Komplexes vorliegt oder nicht. Die Fehlpaarung (Punktmutation) muss sich am 3´-Ende des Primers befinden. Somit können mutante Allele exakt von Wildtypallelen unterschieden werden - ohne Sequenzierung, da die Polymerase im Fall einer Fehlpaarung schlichtweg nicht amplifiziert. Legen Sie Ihren Primer einfach auf die angenommene Punktmutation (Wichtig: Die Punktmutation muss am 3'-Ende sein) und die Polymerase erkennt eine Fehlpaarung in diesem Bereich mit 100% Genauigkeit: Wenn die zum 3'-Ende des Primers komplementäre Base auf dem DNA-Strang die Mutation zeigt und der Primer nicht, dann erfolgt keinerlei Amplifikation - schnelle Gewissheit zu 100%! Die SNP Pol DNA-Polymerase kann daher einfach, zeit- und kosteneffizient für das Screening von Punktmutationen eingesetzt werden. Die Variante SNP PolTaq DNA-Polymerase > besitzt 5'-3'-Nukleaseaktivität und kann daher mit spezifischen Primersonden wie Taqman® Sonden oder Molecular beacons eingesetzt werden. Für mehr Informationen zu unseren SNP DNA-Polymerasen und Anwendungsbereiche lesen Sie jetzt unseren Blogbeitrag. BeschreibungDie SNP PolTaq DNA-Polymerase ist eine hochselektive DNA-Polymerase zur Detektion von Single Nucleotide Polymorphisms. Sie wurde speziell für die allelspezifische Diskriminierung entwickelt, bei der eine sehr hohe Unterscheidungsrate (high discrimination) benötigt wird: z.B. bei der Allelspezifischen PCR (ASA; AS-PCR), Allelspezifischen Primerextension (AS-PEX), SNP Analyse, Genotypisierung oder bei methylierungsspezifischen PCRs (MSP). Viele DNA-Polymerasen tolerieren fehlgepaarte Primer-Template Komplexe. Die SNP Pol DNA-Polymerase dagegen unterscheidet diese spezifisch (high discrimination) und liefert gezielt nur PCR-Produkte bei perfekt passenden Primerpaaren! Die Genaxxon SNP Pol und SNP PolTaq DNA-Polymerasen unterscheiden bis zu 100% mittels allelspezifischer PCR zwischen den beiden Allelen und ergeben nach einer simplen qPCR eine eindeutige Aussage, welches Allel vorliegt. Somit kann das prinzipiell große Potential der CRISPR/Cas9 Technologie mit der SNP PolTaq bzw. der SNP DNA-Polymerase für die Humanmedizin und Pflanzenbiotechnologie genutzt werden. Mittels allelspezifischer PCR kann man die Mutationsrate in einem Pool oder Hintergrund von Wildtyp-Sequenzen quantifizieren. Auch die Überprüfung von Mutationshäufigkeiten, die durch NGS bestimmt wurden, kann mittels allelspezifischer PCR und SNP Pol DNA-Polymerase verifiziert werden. Sehr gut geeignet ist die SNP PolTaq DNA-Polymerase zur Analyse von Liquid Biopsie Proben. Mit ihr kann die Anwesenheit und Häufigkeit von Krebsmutationen sehr gut analysiert und quantifiziert werden. Bild: Anwendungsbeispiel SNP Pol DNA Polymerase Wir empfehlen die Anwendung von Primern für kurze Amplicons (ca. 60-200 bp) für optimale Ergebnisse. Längere Amplicons sind ebenfalls möglich. Bei längeren Amplicons >500 bp ist unter Umständen der Zusatz von Magnesium (+0.5 - 1.5mM) erforderlich. Trouble shooting:Keine Banden nach PCR von 30 Zyklen!Optimierungsvorgehen bei fehlender oder schwacher Bande Annealingtemperatur ist zu niedrig! Achtung: Die SNP Pol ist eine aptamer inhibierte DNA-Polymerase. Das eingesetzte Aptamer-Oligo inhibiert die Polymerase reversibel bei Temperaturen <55°C! Daher sollten die Primer eine Annealingtemperatur von am besten >57°C haben. - realtime PCR Ansatz- Überprüfen der dNTP-Konzentration. Diese sollte zwischen 200 und 300µM (in der PCR) liegen.- Erhöhen der Zyklenzahl (mindestens 35, besser gleich 40) Test Optimierung - ZyklenzahlBei der Endpunktsdetektion ist eine Zyklenanzahl von 30 nicht immer ausreichen, um eine gut sichtbare Bande zu generien. Zum Beispiel bei weniger als 200 DNA-Kopien als Ausgangswert. Daher sollte der Test mittels realtime PCR gefahren werden, oder man setzt fünf parallele PCRs an, von denen jeweils eine nach fünf unterschiedlichen Zyklen aus dem PCR-Gerät entnommen wird (Beispiel unten). Endpunktsdetektion:Setzen Sie parallel fünf gleiche PCR-Reaktionen mit der SNP Pol DNA-Polymerase an. Nehmen Sie bei 20, 25, 30,35 und 40 Zyklen jeweils eines der PCR-Tubes aus dem Cycler und tragen am Ende alle fünf Reaktionen auf ein Agarosegel auf. Damit lässt sich dann einfach erkennen, welches die optimale Zyklenzahl in der PCR für die gegebene Anwendung (Ausgangsmaterial, Target, Primer) ist. SNP Pol PCR mit ZelllysatenTierische Zellen und E.coli können direkt für die PCR mit der SNP Pol DNA-Polymerase herangezogen werden! Es ist keine separate Lyse und kein Proteinase K-Verdau notwendig.Vorgehen PCR-Ansatz: 1. Es werden 50 - 500 Zellen pro PCR-Ansatz benötigt!2. PCR Mix mit Primern und Puffer vorbereiten und auf Eis stellen!3. Die gepickte Kolonie direkt in 10-20µL Wasser (keine separate Lyse und kein Proteinase K-Verdau) geben, kurz vortexen (5 Sekunden), diese Zell-Suspension dann direkt in den PCR-Reaktionsansatz geben, z.B. 10µL Zellsuspension für einen PCR-Ansatz mit 20µL Gesamtvolumen. Anfängliche Denaturierungszeit von 2-3 Minutenreicht aus, kann notfalls auf 5 Minuten verlängert werden.Genomische DNA pro Reaktion max. 100 Kopien ist relativ gering, sollte aber noch gehen.Der Rest dieser Zell-Suspension kann auch weggefroren werden, um weitere Tests damit durchzuführen. Optional: 4. wenn es möglich ist: real-time PCR machen! Die SNP Pol DNA-Polymerase (M3009 >) oder (M3061 >) kann zusammen mit unspezifischen Fluoreszenzfarbstoffen (z.B. Green DNA Dye > von Genaxxon oder SybrGreen®) in der realtime PCR eingesetzt werden. Wenn mit spezifischen PCR-Probes gearbeitet wird, ist nur die SNP PolTaq DNA-Polymerase dafür einsetzbar, da nur diese eine 5'-3' Exonukleaseaktivität besitzt. Mit unseren hochwertigen dNTPs als Set (M3015.4100 und M3015.0250) > oder als Mix (M3016.1010) > oder unseren DNA-Markern > und unserer günstigen Standardagarose > bieten wir Ihnen weitere Produkte für die PCR. Anwendungsgebiete für die SNP Pol DNA-Polymerase- Monitoring, verification and detection of point mutations- Identification of correct or wrong CRISPR/Cas9 products- Verification/validation of sequencing results- Quantification of mutations (e.g. NGS results)- SNP-detection by allele-specific amplification (ASA) / Allele-specific PCR- Methylation specific PCRs (MSP) after bisulfite treated DNA (CpG methylation sides)- HLA genotyping- micro sequencing- realtime PCR with hydrolysis probes- realtime multiplex PCRs - DamID-seq data in C. elegans. Sharma R, Ritler D, Meister P. Tools for DNA adenine methyltransferase identification analysis of nuclear organization during C. elegans development. Genesis. 2016 Feb 4. doi: 10.1002/dvg.22925. - Minisequencing SNP genotyping with SNPase DNA Polymerase can be carried out by the procedure described in: Lovmar L, Fredriksson M, Liljedahl U, Sigurdsson S, Syvänen AC. Quantitative evaluation by minisequencing and microarrays reveals accurate multiplexed SNP genotyping of whole genome amplified DNA. Nucleic Acids Res. 2003;31:e129. - Allel specific mismatch selectivity by the HiDi DNA polymerase Drum M, Kranaster R, Ewald C, Blasczyk R, Marx A (2014) Variants of a Thermus aquaticus DNA Polymerase with Increased Selectivity for Applications in Allele- and Methylation-Specific Amplification. PLoS ONE 9(5): e96640. doi:10.1371/journal.pone.0096640

Die Genaxxon SNP PolTaq DNA-Polymerase, die für den SNP PolTaq DNA-Polymerase 2X Mastermix eingesetzt wird, wurde speziell für die einfache, verlässliche und schnelle spezifische Unterscheidung von Allelen, z. B. bei CRISPR/Cas9-gesetzten Punktmutationen, beim Erkennen falscher CRISPR/Cas9-Produkte oder bei der Validierung von Sequenzierergebnissen, entwickelt. Die SNP PolTaq DNA-Polymerase erkennt hochspezifisch, ob eine Fehlpaarung (Mismatch) des Primer-Template-Komplexes vorliegt oder nicht. Die Fehlpaarung (Punktmutation) muss sich am 3´-Ende des Primers befinden. Somit können mutante Allele exakt von Wildtypallelen unterschieden werden - ohne Sequenzierung, da die Polymerase im Fall einer Fehlpaarung schlichtweg nicht amplifiziert. Legen Sie Ihren Primer einfach auf die angenommene Punktmutation (Wichtig: Die Punktmutation muss am 3'-Ende sein) und die Polymerase erkennt eine Fehlpaarung in diesem Bereich mit 100% Genauigkeit: Wenn die zum 3'-Ende des Primers komplementäre Base auf dem DNA-Strang die Mutation zeigt und der Primer nicht, dann erfolgt keinerlei Amplifikation - schnelle Gewissheit zu 100%! Die SNP PolTaq DNA-Polymerase kann daher einfach, zeit- und kosteneffizient für das Screening von Punktmutationen eingesetzt werden. Die SNP PolTaq DNA-Polymerase besitzt 5'-3'-Nukleaseaktivität und kann daher mit spezifischen Sonden wie Taqman® Sonden oder Molecular beacons eingesetzt werden. Für mehr Informationen zu unseren SNP DNA-Polymerasen und Anwendungsbereiche lesen Sie jetzt unseren Blogbeitrag. BeschreibungDie SNP PolTaq DNA-Polymerase ist eine hochselektive DNA-Polymerase zur Detektion von Single Nucleotide Polymorphisms. Sie wurde speziell für die allelspezifische Diskriminierung entwickelt, bei der eine sehr hohe Unterscheidungsrate (high discrimination) benötigt wird: Z.B. bei der Allelspezifischen PCR (ASA; AS-PCR), Allelspezifischen Primerextension (AS-PEX), SNP Analyse, Genotypisierung oder bei methylierungsspezifischen PCRs (MSP). Viele DNA-Polymerasen tolerieren fehlgepaarte Primer-Template Komplexe. Die SNP Pol DNA-Polymerase dagegen unterscheidet diese spezifisch (high discrimination) und liefert gezielt nur PCR-Produkte bei perfekt passenden Primerpaaren! Die Genaxxon SNP Pol und SNP PolTaq DNA-Polymerasen unterscheiden bis zu 100% mittels allelspezifischer PCR zwischen den beiden Allelen und ergeben nach einer simplen qPCR eine eindeutige Aussage, welches Allel vorliegt. Somit kann das prinzipiell große Potential der CRISPR/Cas9 Technologie mit der SNP PolTaq bzw. der SNP DNA-Polymerase für die Humanmedizin und Pflanzenbiotechnologie genutzt werden. Mittels allelspezifischer PCR kann man die Mutationsrate in einem Pool oder Hintergrund von Wildtyp-Sequenzen quantifizieren. Auch die Überprüfung von Mutationshäufigkeiten, die durch NGS bestimmt wurden, kann mittels allelspezifischer PCR und SNP Pol DNA-Polymerase verifiziert werden. Sehr gut geeignet ist die SNP PolTaq DNA-Polymerase zur Analyse von Liquid Biopsie Proben. Mit ihr kann die Anwesenheit und Häufigkeit von Krebsmutationen sehr gut analysiert und quantifiziert werden. Bild: Anwendungsbeispiel SNP Pol DNA Polymerase Wir empfehlen die Anwendung von Primern für kurze Amplicons (ca. 60-200 bp) für optimale Ergebnisse. Längere Amplicons sind ebenfalls möglich. Bei längeren Amplicons >500 bp ist unter Umständen der Zusatz von Magnesium (+0.5 - 1.5mM) erforderlich. Trouble shooting:Keine Banden nach PCR von 30 Zyklen!Optimierungsvorgehen bei fehlender oder schwacher Bande Annealingtemperatur ist zu niedrig! Achtung: Die SNP PolTaq ist eine aptamer inhibierte DNA-Polymerase. Das eingesetzte Aptamer-Oligo inhibiert die Polymerase reversibel bei Temperaturen <55°C! Daher sollten die Primer eine Annealingtemperatur von am besten >57°C haben. - realtime PCR Ansatz- Überprüfen der dNTP-Konzentration. Diese sollte zwischen 200 und 300µM (in der PCR) liegen.- Erhöhen der Zyklenzahl (mindestens 35, besser gleich 40) Test Optimierung - ZyklenzahlBei der Endpunktsdetektion ist eine Zyklenanzahl von 30 nicht immer ausreichen, um eine gut sichtbare Bande zu generien. Zum Beispiel bei weniger als 200 DNA-Kopien als Ausgangswert. Daher sollte der Test mittels realtime PCR gefahren werden, oder man setzt fünf parallele PCRs an, von denen jeweils eine nach fünf unterschiedlichen Zyklen aus dem PCR-Gerät entnommen wird (Beispiel unten). Endpunktsdetektion:Setzen Sie parallel fünf gleiche PCR-Reaktionen mit der SNP Pol DNA-Polymerase an. Nehmen Sie bei 20, 25, 30,35 und 40 Zyklen jeweils eines der PCR-Tubes aus dem Cycler und tragen am Ende alle fünf Reaktionen auf ein Agarosegel auf. Damit lässt sich dann einfach erkennen, welches die optimale Zyklenzahl in der PCR für die gegebene Anwendung (Ausgangsmaterial, Target, Primer) ist. SNP Pol PCR mit ZelllysatenTierische Zellen und E.coli können direkt für die PCR mit der SNP Pol DNA-Polymerase herangezogen werden! Es ist keine separate Lyse und kein Proteinase K-Verdau notwendig.Vorgehen PCR-Ansatz: 1. Es werden 50 - 500 Zellen pro PCR-Ansatz benötigt!2. PCR Mix mit Primern und Puffer vorbereiten und auf Eis stellen!3. Die gepickte Kolonie direkt in 10-20µL Wasser (keine separate Lyse und kein Proteinase K-Verdau) geben, kurz vortexen (5 Sekunden), diese Zell-Suspension dann direkt in den PCR-Reaktionsansatz geben, z.B. 10µL Zellsuspension für einen PCR-Ansatz mit 20µL Gesamtvolumen. Anfängliche Denaturierungszeit von 2-3 Minuten reicht aus, kann notfalls auf 5 Minuten verlängert werden.Genomische DNA pro Reaktion max. 100 Kopien ist relativ gering, sollte aber noch gehen.Der Rest dieser Zell-Suspension kann auch weggefroren werden, um weitere Tests damit durchzuführen. Optional: 4. wenn möglich: real-time PCR machen! Die SNP Pol DNA-Polymerase (M3009 >) oder (M3061 >) kann zusammen mit unspezifischen Fluoreszenzfarbstoffen (z.B. Green DNA Dye > von Genaxxon oder SybrGreen®) in der realtime PCR eingesetzt werden. Wenn mit spezifischen PCR-Probes gearbeitet wird, ist nur die SNP PolTaq DNA-Polymerase dafür einsetzbar, da nur diese eine 5'-3' Exonukleaseaktivität besitzt. Mit unseren hochwertigen dNTPs als Set (M3015.4100 und M3015.0250) > oder als Mix (M3016.1010) > oder unseren DNA-Markern > und unserer günstigen Standardagarose > bieten wir Ihnen weitere Produkte für die PCR. Anwendungsgebiete für die SNP Pol DNA-Polymerase- Monitoring, verification and detection of point mutations- Identification of correct or wrong CRISPR/Cas9 products- Verification/validation of sequencing results- Quantification of mutations (e.g. NGS results)- SNP-detection by allele-specific amplification (ASA) / Allele-specific PCR- Methylation specific PCRs (MSP) after bisulfite treated DNA (CpG methylation sides)- HLA genotyping- micro sequencing- realtime PCR with hydrolysis probes- realtime multiplex PCRs - DamID-seq data in C. elegans. Sharma R, Ritler D, Meister P. Tools for DNA adenine methyltransferase identification analysis of nuclear organization during C. elegans development. Genesis. 2016 Feb 4. doi: 10.1002/dvg.22925. - Minisequencing SNP genotyping with SNPase DNA Polymerase can be carried out by the procedure described in: Lovmar L, Fredriksson M, Liljedahl U, Sigurdsson S, Syvänen AC. Quantitative evaluation by minisequencing and microarrays reveals accurate multiplexed SNP genotyping of whole genome amplified DNA. Nucleic Acids Res. 2003;31:e129. - Allel specific mismatch selectivity by the HiDi DNA polymerase Drum M, Kranaster R, Ewald C, Blasczyk R, Marx A (2014) Variants of a Thermus aquaticus DNA Polymerase with Increased Selectivity for Applications in Allele- and Methylation-Specific Amplification. PLoS ONE 9(5): e96640. doi:10.1371/journal.pone.0096640

AQ97 High Fidelity DNA Polymerase ist eine proofreading Polymerase mit hoher Amplifikationsgeschwindigkeit und sehr hoher Genauigkeit (>60-fach) gegenüber Taq DNA Polymerase. AQ97 ist ideal für schwierige Targets mit sehr niedrigem oder hohem GC-Gehalt geeignet. Neben diesen Eigenschaften zeichnet sich die AQ97 auch durch Ihre Eignung, lange Targets bis zu 18 kb, zu amplifizieren aus. Dies führt zu sehr genauen und zuverlässigen PCR-Ergebnissen.  AQ97 High Fidelity DNA Polymerase besitzt sowohl eine 5'→3' DNA Polymerase-Aktivität als auch eine 3'→5' proofreading Exonuklease-Aktivität, die es dieser Polymerase ermöglicht, Basenpaar-Fehlpaarungen zu korrigieren. AQ97 High Fidelity DNA Polymerase ist ein fusionierter Proteinkomplex aus DNA-Polymerase mit einer prozessivitätssteigernden DNA-Bindungsdomäne. Neben einer sehr schnellen und robusten Amplifikation komplexer und langer Zielmoleküle zeichnet sich die AQ97 High Fidelity DNA Polymerase durch eine hohe Genauigkeit aus, was dazu führt, dass auch für lange Amplicons eine genaue Amplifikation gewährleistet ist. Dadurch eignet sich die AQ97 besonders für PCR-Experimente, die eine Amplifikation mit sehr niedrigen Fehlerraten erfordern, wie z. B. Klonen/Subklonen, NGS-Anwendungen, SNP-Analysen und Mutagenese. Eigenschaften: • High Fidelity: >60x Taq fidelity• High elongation rate: 10 sec/kb (bis 6000bp pro Minute)• Long range amplification: 18 kb for human gDNA• 5'-3' polymerase acitivity and 3'-5' exonuclease activity.• generates blund ends.Picture 1: Comparison figures of fidelity values for AQ97 DNA Polymerase, AccuPol DNA Polymerase, two well-recognized high fidelity DNA polymerases P and Q and Taq DNA Polymerase were determined through NGS-based analysis of nucleotide misincorporation during PCR. Initially, PCR amplification was performed on a ~ 200 bp synthetic DNA target, generating PCR products for each of the tested polymerases (using recommended setup conditions).  Picture 2: Distribution of substitution errors. PCR was performed using Taq DNA Polymerase, AQ97 High Fidelity DNA Polymerase, high fidelity DNA Polymerase Q and high fidelity DNA Polymerase P. The PCR was followed by NGS sequencing of the PCR products. The number of substitutions at each PCR target position was calculated and plotted in diagram A. Substitutions include misincorporated nucleotides and deletions at each position. Non-polymerase errors are subtracted from the total number of errors to revel true polymerase errors. Non-polymerase errors include mutations caused by thermocycling-induced DNA damage, pre-NGS sample preparation and sequencing errors. In these diagrams the average number of substitutions for Taq DNA Polymerase (Taq average) and for AQ97 High Fidelity DNA Polymerase (AQ97 average) is also plotted. Diagram B magnifies the area near the detection limit, displaying more information about the number of substitutions for AQ97 High Fidelity DNA Polymerase, high fidelity DNA Polymerase Q and high fidelity DNA polymerase P. Click to enlarge diagrams.